Мы здесь беседуем об Инфорамционной Безопасности, главный принцип которой - "Серебрянной пули не бывает". Приходится делать анализ рисков и находить компромисные решения. Кому флешка мешает, а кому компрометация данных _гораздо_ дороже. Вот потери скорости и данных имхо будут незначительными. Читаем кусок данных с винта, дергаем 128 байт ключа с флешки, расшифровываем данные в памяти. Размеры кеша можно подобрать. А вот как можно данные потерять при вынимании флешки я не понял. Любая дисковая операция, хоть чтения хоть записи, имеет законное право вернуть ошибку.
Скорее всего решением будет USB ключ (и в смысле брелка, и в смысле памяти на нем), с которого ключ будут читать по необходимости и _сразу_ тереть его из оперативки. У врагов остается шанс _застать_ секретный ключ в оперативке, если кому критично - покупайте аппартный модуль шифрования.
Поживем-увидим, что нам предложат в свете этой новости шифрователи дисков. Возможности у них есть, даже если они не называются Майкрософт.