Рад, что вам нравится. Действительно, хочется увидеть эти процессы в динамике. Однако, кроме сложностей с визуализацией, возникает много научных вопросов, которые пока не имеют ответов. Почти все данные о структурах касаются стабильных «статичных» состояний, в то время как промежуточные, время жизни которых исчисляется долями секунд, — предмет дискуссий и предположений. В данном случае более абстрактное и менее детализованное отображение может быть более уместно, т.к. мы сохраним высокую степень научной достоверности в общих моментах, не вдаваясь в детали, которые неизвестны.
Михаил, напишите мне в почту konst@ какие именно иллюстрации нужны. В почту я вышлю простые стандартные условия использования. Кстати мы можем передать вам 20-30 плакатов с вирусом Гриппа A/H1N1 для лучших учеников, чтобы реже болели.
Разумеется, и буду признателен, если подскажете коллектив или специалиста в этой области, кому может быть интересно выступить внешним консультантом на проекте.
На софте мы планировали остановиться подробнее в следующих частях про молекулярное моделирование, 3D молелирование и визуализацию. Stay tuned.
ePMV можно использовать на этапе перевода модели из научной среды в CG. Выбрать его или альтернативные средства зависит от предпочтений и 3Д пакета, куда переносятся данные.
Вы собирали в научной среде на основе данных симметрии (регулярные капсиды) или что-то мембранное, вроде ВИЧ или Гриппа?
А у вас нет случаем какого-нибудь набора по возрасту, чтобы сделать «time-lapse» процесса и создать модель развития зубной системы от новорожденного до взрослого?
Верно, эту проблему решат интерактивные виджеты «крутилки» с возможностью выбора, подсветки и вывода описания любого компонента, которые я упомянул выше, и которые будут готовы совсем скоро.
Во всей серии у нас принята следующая схема цветового кодирования: цветом показаны компоненты вируса, кодируемые геномом самого вируса, оттенками серого те компоненты, которые вирус «позаимствовал» у клетки хозяина, в данном случае человека. Интересно сравнить какие вирусы активнее используют «материал» клетки, как делает, например ВИЧ, а какие, существенно меньше — как ВПЧ.
Мембраны состоят из липидов. Липидный состав мембраны вириона повторяет липидный состав клетки человека, в которой он образовался. В данном случае это основные — фосфатидилхолин, фосфатидилэтаноламин, сфингомиелин и холестерин, с характерным соотношением количеств. Именно они обозначены разными оттенками серого.
Наш ведущий научный консультант stefych расскажет про гликозилирование поверхностных белков — серые точки на нейраминидазе (и почему они серые а не в цветных оттенках остальных компонентов).
Да, интересно, что среди иллюстраций 18-19 века встречаются такие шедевры, которые мало какой атлас 20-го века видел. До сих пор не понимаю причины такого провала качества.
А менно эта наша модель довольно слаба в плане стоматологии. Следующая версия Виталика будет адекватно отражать детали области.
Часть наших иллюстраций и анимаций, например связывания кислорода с гемоглобином, или классификация переломов лицевых костей по Ле Фору, есть как ссылки в соответствующих темах википедии. Хотя встречается, что смотрители топиков по непонятной мне причине их удаляют.
Сейчас мы готовим научно достоверную модель одного из вирусов из стеклоподобного пластика для Дарвиновского музея при поддержке гранта фонда Династия. Осенью его можно будет увидеть в музее.
Да, в серии giant microbes есть и вирусы и клетки человека. Вообще, это прекрасная форма популяризации науки среди детей. Мне самому доводилось рассказывать о бактериях племяннику на примере плюшевой E.coli — гораздо интереснее чем на пальцах.
Стеклянные работы Люка действительно впечатляют, но это как раз Science Art или фантазия художника, которые имеют мало общего с реальностью. Science Art хочется посвятить отдельный пост)
Можно, и мы всячески привествуем это. Для студентов и некоммерческих организаций по всму миру эти изображения бесплатны в достаточно высоком разрешении. Веб-виджеты, которые позволяют разобраться в строении можно увидеть на сайте. В ближайшее время для всех вирусов появятся новые более крупные интерактивные «крутилки», где можно будет выбрать любой элемент модели и разглядеть его. К финальному посту серии про создание образовательных материалов они будут готовы.
Сифилис вызывается бактерией Treponema pallidum, мы же сфокусированы на вирусах. На такое моделирование и визуализацию уходит действительно много сил и времени. Некоторые вирусы мы делаем по 4-7 месяцев, но результат того стоит, я считаю.
Такие модели полезны в образовании вирусологов и специалистов, которые затем будут заниматься разработкой вакцин. Например, иллюстрации ВИЧ входят в несколько ведущих учебников и справочников по вирусологии и вакцинам, среди которых Vaccines 6 Стенли Плоткина. К слову, авторитетный научный журнал Lancet пишет о книге следующее: «Widely regarded as The Bible for vaccinologists… the book remains the work of reference that every person working in the field of vaccines and those with an interest in infectious diseases should have.» Если говорить о науке, то по опыту модели также используются для иллюстрации в статьях, которые так или иначе уточняют существующую картину строения вируса. Праллельно мы с коллегами учеными готовим несколько пилотных рассчетов укладки генома набольших вирусов, где такие модели очень помогут. Проблема пространственной организации генома до сих пор актуальна для большинства вирусов.
Грипп по цветам действительно оказался похож на Вангеров.
ePMV можно использовать на этапе перевода модели из научной среды в CG. Выбрать его или альтернативные средства зависит от предпочтений и 3Д пакета, куда переносятся данные.
Вы собирали в научной среде на основе данных симметрии (регулярные капсиды) или что-то мембранное, вроде ВИЧ или Гриппа?
Во всей серии у нас принята следующая схема цветового кодирования: цветом показаны компоненты вируса, кодируемые геномом самого вируса, оттенками серого те компоненты, которые вирус «позаимствовал» у клетки хозяина, в данном случае человека. Интересно сравнить какие вирусы активнее используют «материал» клетки, как делает, например ВИЧ, а какие, существенно меньше — как ВПЧ.
Мембраны состоят из липидов. Липидный состав мембраны вириона повторяет липидный состав клетки человека, в которой он образовался. В данном случае это основные — фосфатидилхолин, фосфатидилэтаноламин, сфингомиелин и холестерин, с характерным соотношением количеств. Именно они обозначены разными оттенками серого.
Наш ведущий научный консультант stefych расскажет про гликозилирование поверхностных белков — серые точки на нейраминидазе (и почему они серые а не в цветных оттенках остальных компонентов).
А менно эта наша модель довольно слаба в плане стоматологии. Следующая версия Виталика будет адекватно отражать детали области.
Стеклянные работы Люка действительно впечатляют, но это как раз Science Art или фантазия художника, которые имеют мало общего с реальностью. Science Art хочется посвятить отдельный пост)
Грипп по цветам действительно оказался похож на Вангеров.