Представим себе ситуацию, когда есть написанные тесты на JUnit`е и все работает отлично (ну хотя бы тесты написаны).
Но появляется чудо-идея, что TestNG был бы для этих тестов удобнее. Не будем вдаваться в холивар, какой из фреймворков лучше, круче или удобнее. Но факт в том, что API у них разный.

Конечно заменить поиском assertArrayEquals на assertEquals несложно.
Но менять позицию сообщения для падающего теста уже сложнее, тут нужно править ручками.
Не знаю, насколько актуальна эта проблема, но я с ней сталкивался много раз.

TeamCity поддерживает jUnit «на лету» и особых проблем с выполнением тестов нет. Но стандартная поддержка не покрывает все юзкейсы. Например, никогда нельзя быть уверенным, в какой очередности пройдут тесты. Кроме того, есть другие вариации тестовой архитектуры, которые просто невозможно сделать дефолтными средствами jUnit. Например, определение в рантайме, какие тесты нужно запускать, а какие нет. Причем с выводом в отчетах в TeamCity без проигнорированных тестов.