Как стать автором
Обновить
82
0
Николай Вяххи @vyahhi

Пользователь

Отправить сообщение

От алгоритмов до рака: лекции со школы по биоинформатике

Время на прочтение 7 мин
Количество просмотров 5.5K
XKCD 1217Летом 2018 года под Петербургом прошла ежегодная летняя школа по биоинформатике, на которую приехали 100 студентов и аспирантов, чтобы изучить биоинформатику и узнать об её использовании в различных областях биологии и медицины.

Главный фокус этой школы был на исследованиях рака, но были лекции и по другим областям биоинформатики, начиная от эволюции и заканчивая анализом данных одноклеточного секвенирования. На протяжении недели ребята учились работать с данными секвенирования нового поколения, программировали на Python и R, применяли стандартные биоинформатические тулы и фреймворки, знакомились с методами системной биологии, популяционной генетики и моделированием лекарств при изучении опухолей, и изучали многое другое.

Ниже вы найдете видео 18 лекций, прочитанных на школе, с кратким описанием и слайдами. Помеченные звёздочкой «*» – достаточно базовые, их можно смотреть без предварительной подготовки.
Хочу всё знать!
Всего голосов 8: ↑8 и ↓0 +8
Комментарии 0

Лекции по биоинформатике: анализ данных, нейросети, и их применение в биологии и медицине

Время на прочтение 10 мин
Количество просмотров 16K
Почти год назад, летом 2017 года, на базе МФТИ состоялась традиционная летняя школа от Института биоинформатики. Основной темой школы в этом году стал интеллектуальный анализ данных. Почему? Количество получаемых данных в биологии и медицине растет с невероятной скоростью. В то же время обнаружить ранее неизвестные вещи в таком объеме информации вручную физически невозможно (да и классическими алгоритмами уже тоже сложновато), поэтому приходится использовать статистику и дополнять естественный интеллект искусственным.

Именно этим активно и занимались участники летней школы. В этом посте собрано 22 видеозаписи лекций со слайдами и описанием для всех интересующихся темой анализа данных в биоинформатике. Лекции, которые можно смотреть без дополнительной подготовки, отмечены звёздочкой «*» (таких половина).

image
Хочу всё знать
Всего голосов 14: ↑14 и ↓0 +14
Комментарии 4

Лекции по биоинформатике: от статистики до генетических конструкций

Время на прочтение 8 мин
Количество просмотров 12K
Чтобы погрузиться в относительно новую для себя научную область, существует огромное количество самых разных мероприятий и проектов. В последние годы их количество и форматы значительно расширились: это открытые лекции и целые научные фестивали, онлайн-курсы и онлайн-программы, летние стажировки и школы, неформальные лекции в барах, опенсорсные проекты и так далее.

Уже пять лет Институт биоинформатики собирает ученых-биоинформатиков и студентов со всей страны и в течение недельной интенсивной учебы за городом на летней школе направляет биологов, медиков, информатиков и математиков в сторону биоинформатики — до сих пор очень динамично развивающейся области. С 2013 года мы записываем лекции на видео и собираем подборку полезных материалов для тех, кто не участвует в мероприятиях, но хотел бы развиваться в этой области.

Программа школы разрабатывается таким образом, чтобы объединить мир биологии и программирования и стимулировать не только развитие профессиональное развитие, но и междисциплинарное общение.

image

Мы продолжаем делиться архивом видеозаписей лекций летних школ. Лекции, которые можно смотреть без дополнительной подготовки, отмечены «*». Просмотр остальных лекций требует знаний в области биологии и программирования. Под катом описание содержания лекций, ссылки на слайды и видеозаписи.
Хочу всё знать
Всего голосов 12: ↑12 и ↓0 +12
Комментарии 3

Лекции по биоинформатике

Время на прочтение 7 мин
Количество просмотров 16K
Каждый год в конце июля Институт биоинформатики совместно с СПбАУ РАН проводит летнюю школу по биоинформатике. В этой небольшой статье собраны лекции (видео и слайды) за два последних года проведения летних школ.

image

Вводные слова о школе


Каждый год на школу приезжает 100 студентов и аспирантов со всей России, СНГ и других стран. В основном это биологи, медики, программисты, математики и физики. В течение недели участники погружаются в мир биоинформатики: просыпают посещают лекции и семинары, много общаются друг с другом и работают над научными проектами.

Читать дальше →
Всего голосов 17: ↑16 и ↓1 +15
Комментарии 7

Лекции по биоинформатике

Время на прочтение 11 мин
Количество просмотров 27K


Рад представить вам 27 лекций по биоинформатике (включая описания, слайды и полные видеозаписи). Лекции читались на летней школе по биоинформатике, которая проходила в июле 2014 под Санкт-Петербургом, собрала вместе 100 студентов со всей России и СНГ, а также лекторов из МГУ, МФТИ, Сколтеха, РАН, СПбАУ, СПбГПУ, СПбГУ, Yale University, Fox Chase Cancer Center, George Washington University, Pennsylvania State и других прекрасных организаций.

Школу традиционно проводила команда Института биоинформатики, а поддерживали ее СПбАУ РАН, СПбГУ, JetBrains, РВК, BIOCAD, EMC, Фонд «Династия» и РФФИ, благодаря чему удалось сделать мероприятие абсолютно бесплатным для всех участников.
Смотреть лекции, узнавать новое
Всего голосов 20: ↑19 и ↓1 +18
Комментарии 0

Летняя школа по биоинформатике: научные проекты

Время на прочтение 7 мин
Количество просмотров 5K
Привет, уважаемые участники сообщества!

В Санкт-Петербурге на днях снова выпал снег, и для летнего вдохновения расскажем о мероприятии, проходившем в июле 2014 года. А именно – летней школе по биоинформатике, организованной Институтом биоинформатики и СПбАУ РАН при поддержке СПбГУ. Про первую школу на Хабре писали тут и тут.

В этой статье речь пойдет об интересном эксперименте — учебно-научных проектах в рамках школы: начиная от идеи и заканчивая тем, что же получилось в итоге.


Читать дальше →
Всего голосов 9: ↑9 и ↓0 +9
Комментарии 2

Компьютерная графика, онлайн-курс

Время на прочтение 5 мин
Количество просмотров 26K
В MIT компьютерная графика – это 3D алгоритмы, в некоторых учебниках – это сборник описаний популярных графических редакторов, в кино – спецэффекты, на телевидении – оформление экрана. Всё это – увлекательно и любопытно, но что же такое компьютерная графика?

В разное время мне доводилось работать и с анимацией, и с трёхмерной графикой, и с полиграфией, и с веб, и с видео, причём в весьма различных формах. Двадцать лет я так или иначе чем-то таким занимался и не жалею об этом. И все эти двадцать лет у меня из головы не выходила одна фраза научного руководителя лицея, где в середине 90-х я учился этой самой компьютерной графике:
Вы, конечно, можете освоить инструменты, вы будете владеть программами. Тогда вы будете среди тех немногих, кто это сейчас умеет, но скоро настоящие профессионалы освоят компьютерные технологии, и вам придется тяжело рядом с ними. Поэтому не забудьте получить настоящую профессию, а все эти фотошопы и 3DS – лишь ваши инструменты, ваше конкурентное преимущество сегодня.
Но было и ещё одно обстоятельство, о котором явно не говорили: в какой-то момент я понял, что компьютерная графика «по специальности» – это ещё и биология, физика, и даже химия. И, конечно, математика. В этом посте я расскажу о трехнедельном открытом онлайн-курсе по основам компьютерной графики, который начался совсем недавно – 9 марта, – и попробую объяснить, для кого он сделан, зачем, почему такой, и как знания компьютерной графики помогают в жизни.
Читать дальше →
Всего голосов 9: ↑7 и ↓2 +5
Комментарии 5

Биологическая грамотность: казнить нельзя помиловать

Время на прочтение 3 мин
Количество просмотров 12K
Чтобы считаться грамотным в широком смысле этого слова, человек должен не только писать без ошибок и уметь считать, но и разбираться в истории, политике, быть начитанным и так далее. Сейчас в этом списке прочно укрепилась и компьютерная грамотность — было бы очень странно ее там не встретить, учитывая, что мы на каждом шагу имеем дело с компьютерами уже несколько десятилетий.

Но компьютерные технологии — не единственные, которые получили такое бурное развитие за последнее время. Например, космические корабли бороздят просторы Вселенной… правда жизнь произвольно взятого человека далека от исследований космоса. Да и адронный коллайдер никак не вмешивается в существование большинства людей (запустили, конец света не настал, вот и собственно всё).

Совсем другое дело — биотехнологии, и вообще вся область знаний, из которой у них растут ноги (биология и генетика в частности). Биология уже прочно заняла место в повседневной жизни, но, к огромному сожалению, разбираться в ней пока не считается необходимым.

Поэтому мы и создали русскоязычный открытый онлайн-курс "Молекулярная биология и генетика", к которому ещё можно присоединиться до 24 ноября 2014, либо проходить потом в свободном режиме. Ниже немного расскажем о нём.
Читать дальше про примеры биологических заблуждений и программу онлайн-курса
Всего голосов 22: ↑18 и ↓4 +14
Комментарии 48

Coursera экспериментирует с моделью on-demand

Время на прочтение 1 мин
Количество просмотров 7.6K
Coursera начала эксперименты с открытыми курсами, на которые можно записаться в любой момент. Первый курс, оформленный таким образом – Child Nutrition and Cooking. Интересно, что этот курс не использует стэнфордскую платформу, которую Coursera использовала ранее для всех онлайн курсов, а выглядят уже совершенно по-новому.

Читать дальше →
Всего голосов 18: ↑18 и ↓0 +18
Комментарии 14

Тренды в онлайн образовании

Время на прочтение 5 мин
Количество просмотров 38K
В последнее время на слуху феномен «муков» (MOOC) – массовых открытых онлайн курсов. Платформ для них создано большое множество.

Есть мнение, что MOOC – это книги нового поколения (с видео, интерактивными задачами и социальной составляющей), которые одновременно «читают» десятки тысяч человек. Можно долго сравнивать «муки» с классическим образованием и спорить об их эффективности, но полезно воспринимать их как совершенно другой формат, очевидно со своими плюсами и минусами.

При этом у онлайн образования есть большое концептуальное отличие от оффлайн образования – его проще измерить. А всё, что можно измерить, можно улучшить.

В этом посте я поделюсь личными соображениями о том, куда движется онлайн образование на примере MOOC-ов, в том числе по мотивам посещения Coursera Partners' Conference, прошедшей 4 недели назад в Лондоне.
Читать дальше про данные, специализации, смешанное обучение и платформу образовательных приложений
Всего голосов 41: ↑37 и ↓4 +33
Комментарии 12

Материалы летней школы по биоинформатике

Время на прочтение 9 мин
Количество просмотров 37K
Этим летом в Москве прошла первая летняя школа по биоинформатике. В ней приняло участие более 100 человек, которые приехали из различных уголков России и СНГ и были разделены на два потока: «информатики» и «биологи». Организовал мероприятие Институт биоинформатики в сотрудничестве с СПбАУ РАН, МГУ, ИППИ РАН и программой GameChangers.

Про то, как прошла сама школа, на хабре уже писали наши студенты. Теперь же каждый желающий, не имевший возможности поучаствовать в школе, может ознакомиться с интересующими его докладами: мы выложили все видеозаписи лекций и все слайды презентаций онлайн.

Если вы впервые слышите про биоинформатику, то советую в первую очередь посмотреть вводную лекцию Аллы Лапидус, которая расставит всё на свои места. Сейчас Алла занимает ведущие позиции в центре геномной биоинформатики СПбГУ и в лаборатории алгоритмической биологии СПбАУ РАН, а ранее долгое время руководила геномными проектами в DOE Joint Genome Institute (Калифорния).



Под катом можно посмотреть список всех прошедших лекций, включая их краткие описания, которые помогут вам сориентироваться, а также полные видеозаписи на русском.
Читать дальше →
Всего голосов 44: ↑41 и ↓3 +38
Комментарии 4

Алгоритмы в биоинформатике, онлайн-курс

Время на прочтение 2 мин
Количество просмотров 31K
Секвенирование генома человека десять лет назад явилось причиной вычислительной революции в биологии. Оно стало стимулом для создания бо́льшего числа новых алгоритмов, чем в любой другой фундаментальной области науки.

21 октября мы с Филлипом Компо и Павлом Певзнером из Университета Калифорнии запускаем онлайн-курс по алгоритмам в биоинформатике на Coursera. Уже до 21 октября можно посмотреть содержание первой главы курса и порешать задачи на нашем новом образовательном проекте Stepic, над которым работает команда широко известного в узких (биоинформатических) кругах проекта Розалинд.
Читать дальше →
Всего голосов 66: ↑65 и ↓1 +64
Комментарии 42

Python for Programmers

Время на прочтение 1 мин
Количество просмотров 31K
Alex Martelli Многие знакомы с выступлением Алекса Мартелли (Alex Martelli) на Google Tech Talk под названием Python for Programmers (слайды) — в нём он чётко и лаконично рассказывает основы Питона для тех, кто уже умеет программировать, например на C, С++ или Java. По его презентации я сам учил Питон четыре года назад, перед тем как начать использовать его в преподавании программирования на матмехе СПбГУ.

Сегодня хочу представить вам интерактивный вариант этой презентации — онлайн мини-курс Python for Programmers, созданный и опубликованный под лицензией Creative Commons с разрешения Алекса. Мы добавили к его презентации интерактивных упражнений, обновили материал с Python 2.5 до Python 3.3, добавили информацию по актуальным библиотекам и разнице между 2 и 3 версиями Питона.
Читать дальше →
Всего голосов 81: ↑75 и ↓6 +69
Комментарии 9

Найдены мутации генома, отвечающие за уровень образования

Время на прочтение 1 мин
Количество просмотров 38K
На прошлой неделе в Science: международная команда исследователей сообщила о нахождении генетических вариаций, ассоциированных с количеством образования, получаемого людьми с европейскими корнями.

Учёные провели полногеномный поиск ассоциаций (genome-wide association study) и обнаружили мутации в специфичных участках генома, появление которых коррелирует с образовательными достижениями. Найденные мутации отвечают лишь за два процента вариаций уровня образования и когнитивных способностей, но включают «перспективные» для дальнейших исследований однонуклеотидные полиморфизмы (single-nucleotide polymorphisms, SNPs). В частности, три независимые мутации (rs9320913, rs11584700, rs4851266) отвечают, приблизительно, за 1 дополнительный месяц обучения каждая.
Читать дальше →
Всего голосов 33: ↑23 и ↓10 +13
Комментарии 17

Розалинд — платформа для изучения биоинформатики

Время на прочтение 2 мин
Количество просмотров 17K
DNA

Широко известны сайты для решения олимпиадных задач по программированию, такие, как, например, TopCoder и Codeforces, а также сборники математических задач-головоломок, например, Project Euler. За последний год произошёл бум онлайн образования: возникли стартапы Coursera и Udacity, предоставляющие онлайн курсы от топовых университетов США… но для тех, кто хочет изучить биоинформатику, пока ничего нет.

Розалинд — проект, разрабатываемый в Санкт-Петербуге и University of California, San Diego с мая 2012 года, как раз заполняет эту нишу. Это платформа для обучения биоинформатике с помощью решения задач, бесплатная и открытая.
Читать дальше →
Всего голосов 63: ↑61 и ↓2 +59
Комментарии 36

Обзор Circos: круг — это хорошо

Время на прочтение 3 мин
Количество просмотров 6.1K
Circos — открытый программный пакет для визуализации данных и информации. Он визуализирует данные в форме круга, что идеально подходит для изучения связей между объектами. Также, это просто красиво.


Читать дальше →
Всего голосов 38: ↑31 и ↓7 +24
Комментарии 20

Chrome Hackathon & Contest в Санкт-Петербурге

Время на прочтение 1 мин
Количество просмотров 629
Санкт-Петербургская группа пользователей технологий Google приглашает на хакатон по Google Chrome в Санкт-Петербурге, который состоится при поддержке Google и движения GTUG (Google Technology User Group) в России и СНГ 27 и 28 августа 2011 года (ближайшие выходные!).

Цель этого конкурса — создать новые веб-приложения и расширения для браузера Google Chrome, которые сделают его еще более удобным для пользователей.

Ключевые докладчики из Google: Ilmari Heikkinen (Developer Programs Engineer) по видеосвязи из Москвы и Mike West (Chrome Advocate) в Санкт-Петербурге.

Мероприятие бесплатное, но требуется регистрация.

Место проведения: бизнес инкубатор QD.

Трое победителей получают ноутбуки Mac Book Air, которые будут вручены во время церемонии награждения на Google Developer Day 2011 Russia. Дополнительные 4-ые и 5-ые места будут награждены ценными призами.

Подробности обо всей серии хакатонов, в том числе в других городах России и СНГ, в официальном блоге.

Организационные партнёры: QD.
Всего голосов 25: ↑22 и ↓3 +19
Комментарии 9

Открыт набор на курсы по биоинформатике (Санкт-Петербург)

Время на прочтение 2 мин
Количество просмотров 1.4K
Открыт набор на курсы по биоинформатике в Санкт-Петербургском Академическом университете РАН на 2011/2012 год.

Курсы бесплатны и ориентированы на студентов средних и старших курсов информатических и математических специальностей, интересующихся биоинформатикой.

Читать дальше →
Всего голосов 44: ↑42 и ↓2 +40
Комментарии 16

Биоинформатика в Санкт-Петербурге

Время на прочтение 1 мин
Количество просмотров 4.6K
Санкт-Петербургский Академический университет РАН при поддержке компании JetBrains запускает открытые курсы по биоинформатике в Санкт-Петербурге.

Курсы ориентированы, преимущественно, на студентов старших курсов математических и технических специальностей, интересующихся биоинформатикой.

Курсы открыты для вольнослушателей и бесплатны (но необходимо заполнить форму). Для вольнослушателей возможна аттестация (проверка домашних заданий, проведение и проверка экзаменов) с последующей выдачей дипломов.
Читать дальше →
Всего голосов 45: ↑40 и ↓5 +35
Комментарии 27

Магистерская программа по биоинформатике Санкт-Петербургского Академического университета (бывший АФТУ РАН)

Время на прочтение 2 мин
Количество просмотров 4.1K
Повсеместный переход на Болонскую систему даёт студентам возможность сменить ВУЗ после получения диплома бакалавра. Однако немногие студенты задумываются об этом. Во многих ВУЗах магистерская программа очень «разрежена»: присутствует множество непрофильных курсов (философия, культурология и т.д.), профильных же очень мало, и для того, чтобы их сдать, достаточно просто появиться на экзамене/зачёте.

Тех, кто ещё сохранил желание учиться, а также интересуется биоинформатикой и имеет образование в области математики и/или информатики, кафедра математических и информационных технологий Академического университета приглашает в новую магистратуру по биоинформатике в Санкт-Петербурге.
Читать дальше →
Всего голосов 12: ↑11 и ↓1 +10
Комментарии 15

Информация

В рейтинге
Не участвует
Откуда
Санкт-Петербург и область, Россия
Дата рождения
Зарегистрирован
Активность