Прежде чем определиться с выбором раскладки вашего графа, нужно понять какие цели вы преследуете, когда строите его и что именно вы хотите проанализировать и показать.
Впечатление, которое производит ваш граф, может значительно отличаться в зависимости от выбранного алгоритма. Вы должны понимать, что окончательный выбор может стать очевидным только после экспериментов и визуальной оценки. Он должен соответствовать как вашим данным, так и цели построения графа. Здесь нет абсолютно правильных или неправильных ответов: часть решения будет принята субъективно, исходя из вашего собственного визуального суждения.
Рассмотрите свои варианты с точки зрения целостности. Конечная цель создать граф, который не только понятен, но и позволяет рассказать убедительную историю. Если при достижении этих целей макет выглядит впечатляюще, даже лучше! Однако любое прочтение литературы и поиск в интернете быстро покажет, что многие графы выглядят впечатляюще, но не передают смысла данных, и они настолько плотны, что их невозможно прочитать. Не становитесь жертвой создания, чего-то впечатляющего, ради красивой картинки - всегда помните, что вы используете средство просмотра графов, и делаете все возможное, чтобы показать данные чётко. Теперь, когда мы определили приоритеты, мы можем перейти к рассмотрению различных компоновок Gephi.
Для демонстрации настроек раскладок будем использовать данные о переводах пользователей трёх различных банков.
Force Atlas — это классический силовой подход, использующий принципы отталкивания,
притяжения и гравитации для обеспечения высокой степени точности как для малых наборов данных, так и для довольно больших. Эта точность достигается за счет скорости, Force Атлас — один из самых медленных методов компоновки в Gephi. К счастью, можно остановить построение графа до завершения, если вы чувствуете, что результаты не те, что вы задумали. Вот краткие обзоры нескольких параметров, которые помогут вам создать эффективный граф.
Сила отталкивания — это мера, позволяющая определить, насколько сильно каждый узел будет отталкивать другие узлы. Выставленный на высокие значения, этот параметр создаёт график с большим интервалом между узлами. Его можно использовать вместе с противоположным эффектом притяжения. Большие значения параметра сила притяжения сблизит соединенные узлы, что создаст сеть, которая потенциально более кластеризована. Конечно, в зависимости от лежащего в основе
набора данных. Если ваша цель - создать граф, зависящий от изолированной
группы внутри сети, то высокая сила притяжения в сочетании с высокой
силой отталкивания может помочь нам добиться этого результата. Для наглядности так же можно задать размеры узлов в зависимости от исходящих рёбер.
Еще одна полезная функция, особенно когда важны размеры узлов - это флажок «Учитывать размер». Этот переключатель помогает алгоритму избегать перекрытия узлов или, наоборот, не брать в расчёт размер узла. Это очень полезно, когда у нас есть сеть с большими узлами, которые могут легко закрыть более мелкие узлы.
При большем значении гравитации узлы будут рисоваться ближе к центру графа, предотвращая разброс по периметру, в то время как меньшие значения могут помочь расширить граф в случаях, когда в центре сети существует чрезмерная скученность.
Еще одна возможность - расположить крупные узлы подальше от центра графа с помощью флажка «Ослабление хабов». Когда установлен флажок "Да", алгоритм будет иметь тенденцию отодвигать крупные узлы от центра сети, обеспечивая несколько иную перспективу, чем традиционные макеты.
Наконец, функция скорости. Высокая скорость понижает точность построения так что вам нужно найти компромисс, который будет зависеть от характера и
сложности вашей сети.
Force Atlas 2 - это более быстрая, обновленная версия Force Atlas. Здесь также можно настроить число потоков, что позволит вам воспользоваться преимуществами
многоядерной обработки и даст вам большую мощность для построения макета. Значение по умолчанию - 2, но, очевидно, оно может быть увеличено в зависимости от возможностей вашей локальной машины.
Задать расстояние между узлами здесь можно с помощью настройки «Разреженность».
Аналогом параметра «Учитывать размер» здесь будет параметр «Запрет перекрытия» можно использовать, чтобы более крупные узлы не перекрывали другие компоненты в сети.
Еще один интересный вариант — использовать настройку «Влияние весов рёбер» для управления внешним видом вашей сети. Значение 1.0 соответствует нормальному влиянию, а значение 0 сообщает алгоритму, чтобы он вообще не ссылался на веса ребер при вычислении компоновки.
Уровни выше единицы будут все больше зависеть от веса ребер, в результате чего в сильно связанные узлы, будут ближе друг к другу.
Мы упоминали во введении к этому методу, что явные уровни отталкивания
указывается с помощью функции «Устойчивость». Как и все настройки отталкивания, высокие уровни создадут более разреженный граф с большим интервалом между узлами.
Как и в большинстве макетов, ориентированных на силу, Force Atlas 2 содержит опцию «Гравитация», которая дает пользователям возможность тянуть узлы к центру графа (через более высокие настройки) или отодвигать их от центра, когда требуется лучшая видимость в центре сети. В сочетании с настройкой «Влияние весов рёбер» она позволяет отдельно выделить узлы с сильной связью.
В качестве ещё одного примера, рассмотрим граф просмотра сотрудниками клиентов, в разрезе отделов. Так как набор данных был большого объёма, и требовалась большая скорость обработки, была использована укладка Force Atlas2. Для ускорения обработки, процесс был запущен на 4-х ядрах. Был установлен запрет перекрытий и выставлена высокая разжененность. Так же, для наглядности, было выставлено ослабление хабов.
Главное отличие рассмотренных методов укладки – скорость работы. Однако, другие настройки могут так же повлиять на ваш выбор. Но любое ваше решение должно быть принято в зависимости от вашей задачи.
