Игра «Быки и коровы». Часть 1

ещё можно посмотреть:
1. «Efficient solutions for Mastermind using genetic algorithms» by Lotte Berghman, Dries Goossens, Roel Leus
2. «An Optimal Mastermind (4,7) Strategy and More Results in the Expected Case» by Geoffroy Ville [2013]

Рекомендую пройти ревью кода у коллеги пусть с небольшим, но опытом. Первое, что бросается:

1. Посмотрите на итерирование массивов
2. Не делайте логики по запуску в конструкторе

Если вместо массива использовать множество, повторов элементов в нем никогда не будет.

А зачем в checkInputArray вы проверяете все пары элементов дважды?
Зачем вообще check и checkMas, если можно return true во внутреннем if (который, к тому же, можно было совместить со внешним) и return false в конце?