Node.js + MongoDB: перформанс транзакций

смысл в если у тебя: ноу архитектур

Это вы лихо от масштабируемости отказались прям сходу. :)
Один процесс в одном потоке обрабатывает все изменения по-очереди — да, будет работать без всяких транзакций. Только небыстро.

А что если несколько документов в разных таблицах нужно обработать атомарно? Т.е. так, чтобы до момента X они все были в состоянии K, а в момент X перешли в состояние L? И так, чтобы соседи ни каких промежуточных состояний не видели?