Инструменты для поиска аннотированных классов в Java

Рассматриваются только фреймворки? Можно же и ручками отсканировать пути в ClassLoader, как описано здесь. Или написать свою реализацию javax.annotation.processing.AbstractProcessor.

Советую посмотреть на https://github.com/classgraph/classgraph (в прошлом fast-classpath-scanner)

ClassGraph (formerly FastClasspathScanner) is an uber-fast, ultra-lightweight classpath scanner, module scanner, and classfile annotation processor for Java, Scala, Kotlin and other JVM languages.

Имеет отличный функционал, ищет классы не только в jar'ках, но и просто из папок (удобно если запускать проект напрямую из IDE)