Как собрать простейшую Java программу с помощью Maven

    <!-- uberjar -->
    <profile>
      <id>uberjar-assembly</id>

      <activation>
        <file>
          <exists>.uberjar-assembly</exists>
        </file>
      </activation>

      <build>
        <plugins>
          <plugin>
            <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
            <artifactId>maven-shade-plugin</artifactId>

            <configuration>
              <finalName>${project.build.finalName}-uber</finalName>

              <transformers>
                <transformer implementation="org.apache.maven.plugins.shade.resource.ManifestResourceTransformer">
                  <mainClass>${mainClass}</mainClass>
                </transformer>
                <transformer implementation="org.apache.maven.plugins.shade.resource.ServicesResourceTransformer" />
                <transformer implementation="org.apache.maven.plugins.shade.resource.AppendingTransformer">
                  <resource>reference.conf</resource>
                </transformer>
                <transformer implementation="org.apache.maven.plugins.shade.resource.AppendingTransformer">
                  <resource>META-INF/spring.handlers</resource>
                </transformer>
                <transformer implementation="org.apache.maven.plugins.shade.resource.AppendingTransformer">
                  <resource>META-INF/spring.schemas</resource>
                </transformer>
                <transformer implementation="org.apache.maven.plugins.shade.resource.ApacheLicenseResourceTransformer" />
                <transformer implementation="org.apache.maven.plugins.shade.resource.ApacheNoticeResourceTransformer">
                  <addHeader>false</addHeader>
                </transformer>
              </transformers>
            </configuration>

            <executions>
              <execution>
                <phase>package</phase>
                <goals>
                  <goal>shade</goal>
                </goals>
              </execution>
            </executions>
          </plugin>
        </plugins>
      </build>
    </profile>

Наличие в проекте файла .uberjar-assembly подключит этот профиль и он будет генерировать jar с classifier'ом uber, сконфигурированный для запуска через java -jar. Требует наличие в проекте property mainClass.

    <!-- app assembly -->
    <profile>
      <id>app-assembly</id>

      <activation>
        <file>
          <exists>.app-assembly</exists>
        </file>
      </activation>

      <build>
        <plugins>
          <plugin>
            <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
            <artifactId>maven-jar-plugin</artifactId>

            <configuration>
              <archive>
                <manifest>
                  <addClasspath>true</addClasspath>
                  <classpathPrefix>lib/</classpathPrefix>
                  <mainClass>${mainClass}</mainClass>
                </manifest>
              </archive>
            </configuration>
          </plugin>

          <plugin>
            <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
            <artifactId>maven-dependency-plugin</artifactId>

            <executions>
              <execution>
                <phase>compile</phase>
                <goals>
                  <goal>copy-dependencies</goal>
                </goals>
              </execution>
            </executions>

            <configuration>
              <outputDirectory>${project.build.directory}/lib</outputDirectory>
              <stripVersion>false</stripVersion>
            </configuration>
          </plugin>

          <plugin>
            <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
            <artifactId>maven-assembly-plugin</artifactId>

            <dependencies>
              <dependency>
                <groupId>org.example</groupId>
                <artifactId>example-assemblies</artifactId>
                <version>1</version>
              </dependency>
            </dependencies>

            <executions>
              <execution>
                <phase>package</phase>
                <goals>
                  <goal>single</goal>
                </goals>
                <configuration>
                  <descriptorRefs>
                    <descriptorRef>app</descriptorRef>
                  </descriptorRefs>
                </configuration>
              </execution>
            </executions>
          </plugin>
        </plugins>
      </build>
    </profile>

В org.example:example-assemblies:1:jar должен быть доступен дескриптор такого вида (положить в src/main/resources/assemblies/app.xml):

<assembly xmlns="http://maven.apache.org/plugins/maven-assembly-plugin/assembly/1.1.2" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://maven.apache.org/plugins/maven-assembly-plugin/assembly/1.1.2 http://maven.apache.org/xsd/assembly-1.1.2.xsd">
  <id>app</id>

  <formats>
    <format>tar.gz</format>
  </formats>

  <includeBaseDirectory>false</includeBaseDirectory>

  <files>
    <file>
      <!-- fix extra space before `source` tag below -->
      < source>target/${project.build.finalName}.jar</source>
      <outputDirectory/>
      <destName>${project.artifactId}.jar</destName>
    </file>
  </files>

  <dependencySets>
    <dependencySet>
      <outputDirectory>lib</outputDirectory>
      <useProjectArtifact>false</useProjectArtifact>
    </dependencySet>
  </dependencySets>
</assembly>

Профиль включается наличием файла `.app-assembly` и генерирует `.tar.gz` с приложением и его зависимостями в директории `lib/`.