XFeatures — Полезное расширение для ATMEL STUDIO 6

Поддержка ассемблера? Пользовательские списки ключевых слов для подсветки с индивидуально устанавливаемым цветом?

Это расширение специально не поддерживает ассемблер. В основном это расширение для раскраски готового инструментария, чтоб легче было использовать. И чуть-чуть улучшает то, что уже имеется в окне редактора кода. То чего не хватает в современной IDE.
Atmel Studio не сильно заморочена для ассемблерных проектов, судя по тому, как они продвигают свой Atmel Software Framework.

Для навигации по проектам ассемблера и индивидуальной синтаксической подсветки, я сам начал использовать настроенный под себя Sublime Text Editor 3.