Как подружить Kohana с nginx и PHP FastCGI

я не помню почему, но Игорь Сысоев всегда пишет

Сначала нужно забыть слово rewrite как страшный сон.
Потом нужно переписать конфигурацию вот так:

location / {
try_files $uri $uri/ @cohana;
}

location @cohana {
fastcgi_pass 127.0.0.1:9123;
fastcgi_param script_FILENAME $document_root/index.php;
fastcgi_param QUERY_STRING $uri;
include fastcgi_params1;
}

пруфлинк, правда для codeigniter'a но суть одна и таже

Можно поподробнее про копию include fastcgi_params -> include fastcgi_params1, каким образом данное действие организуется?

Так как регистр букв в конфиге нгинкса важен и хабрапарсер переводит SCRIPT в script я советую написать в статье в этом месте например так: SC<b></b>RIPT_FILENAME и полукчить на выходе нормальное SCRIPT_FILENAME

Вроде как все есть в доках: kohanaframework.org/guide/tutorials.removeindex, секция NGINX.

Ваш рерайт — плохой и неправильный. Особенно — часть с if ($request_filename и вынос некоторый fastcgi_param.
Прислушайтесь к первому комментарию, почитайте habrahabr.ru/blogs/nginx/74135/