Поиск по геному с помощью Wolfram Language (Mathematica) и HadoopLink

[Mistx]

Очень интересно, спасибо за статью! А на домашнем ПК можно развернуть инфраструктуру MapReduce, и в обозримый срок осуществить поиск по геному, или нужен кластер?

[ninch]

На практике люди пользуются либо общедоступными облачными сервисами вроде BLAST и Genome Browser (когда вещей для поиска мало, но надо внимательно посмотреть на результат), либо готовыми высокооптимизированными программами (когда искать надо очень много, но и над результатами не трясутся), которые можно запускать где угодно и почти как угодно (хоть в консоли, хоть из личного вебгуя, распараллеливание тривиально разделением входящих данных).

Как и все остальные статьи про вольфрам, здесь представлено крайне специфическое, заточенное строго под вольфрам, решение в лоб для весьма далёкой от реальности задачи. Это скорее пособие для студентов-биоинформатиков для понимания работы базовых алгоритмов. Приведённый тут алгоритм, например, неоптимален по памяти и сложности, для поиска чего-то длиннее 10 нуклеотидов в чём-то длиннее митохондриального генома и правда потребуется разворачивать MapReduce.

[kluwert]

Норамальные люди юзают Матлаб + Bioinformatics toolbox. А всё, что в статье написано — для любителей экзотики.