Переменные окружение это, конечно, хорошо, но также можно порекомендовать nconf для многоуровневого конфигурирования, и конкретно optimist, если нужен парсинг аргументов передаваемых в командной строке.
Сам node-convict понравился, жаль что он не может заменить nconf и не является его частью.
Приручаем конфигурации веб-приложений с помощью node-convict