Как стать автором
Обновить

Комментарии 9

Т.е. мы уже считаем возможным совершенно безболезненно редактировать квайны, которые через несколько перерождений производят другие квайны, которые в свою очередь через несколько перерождений производят несколько архив с исходным квайном? И это ближайшая аналогия самых простейших организмов.

По мне мы сейчас на уровне обезьян. Которые бьют одни часы об другие с мыслью посмотреть как оно устроено. Прогресс, безусловно, есть. И его безусловно не остановить, но время для таких восторженных статей еще явно не настало.

Или мое понимание проблематики не соответствует действительности?
*Отвлеченный вопрос: А как вы в принципе обычно отличаете, соответствует ваше понимание проблематики действительности или не соответствует?
Может этот эксперимент вас впечатлит. Как-то в 2010 Крейг Вентер искусственно синтезировал (буквально в системе пробирок) весь геном бактерии Mycoplasma mycoides и вживил его другой родственной бактерии, предварительно удалив ее собственный геном. И все успешно сработало.
Имхо, не похоже на обезьяну, часы и попытки понять как все устроено. В целом уже более-менее понятно, как все устроено, не ясны чаще всего отдельные нюансы.
Впечатлит. Но при всех достижениях — это все же копирование. Сложное — безусловно. Но копирование. И даже не редактирование. Китайский IPhone по внешнему виду тоже был похож на оригинал. И даже копировал его «повадки». И даже лучше был — там две сим-карты и телевизор.

Я не биолог. Мне сложно судить о той области. Просто как хобби интересуюсь смежной наукой и однажды сцепился именно с биологами. Как раз с точки зрения программиста. С позиции геном — это как код программы. Почему бы не использовать «удачные» алгоритмы из сеседней программы в своей собственной? Ну или почему не поставить в условную Волгу, радиатор охлаждения от условного «Мерседеса» — он надежнее и прослужит дольше? По мере погружения в вопрос выяснилось — такая аналогия крайне упрощена. В первую очередь она не учитывает репликацию (т.е. по сути программа не просто программа — она квайн) и, самое главное, контроль целостности. Т.е. нельзя вот так запросто поменять код — при следующей репликации изменения обнаружат и удалят. В худшем случае вообще прервав цепочку репликаций. Почему и говорю, конечно крайне грубо говорю, про обезьян с часами. Прогресс идет. И сам факт появления методики класса CRISPR об этом говорит. И то, что успехи есть — это радует. Конечно, развивать дальше тоже надо.

Просто многолетний опыт редактирования генома методом селекции был понятен. Относительно понятен. Большую часть работы делала матушка-природа, а человек ее только подталкивал к нужным решениям. Она же занималась самоуничтожением явно ошибочных ветвей используя для этого генетически сформированные за миллионы лет эволюции механизмы в растениях. А вот опыты с пересадкой части генома даже не родственных растений… У меня сегодня вызывают некоторую оторопь. Ладно, репликация идет. Ладно защиту от ошибок при копировании подавили. Но чем грозит выпуск таких организмов в дикую природу? Борщевик Сосновского может показаться детской шалостью…

Потому и пишу — не время для победных реляций. Время для глубоких исследований до полного понимания. Но повторюсь — я не биолог и не генетик. Могу и ошибаться. И, если честно, хочу ошибаться.
Не совсем понял, что вы имеете ввиду вот здесь: «нельзя вот так запросто поменять код — при следующей репликации изменения обнаружат и удалят.». Какой механизм вы имеете ввиду?
В конце концов у клетки нет возможности отличить правильный код от неправильного, и нет контроля целостности как таковой, по крайней мере, насколько я знаю (я немного разбираюсь в биологии, на уровне хобби)
Я про ошибки репликации и методы их устранения. Есть у клетки такие механизмы. Клетки могут тупо отторгать код донора. Если очень кратко и сжато, то например здесь (буквально первое, что попалось — наверняка есть и понятнее). Т.е. мало встроить, надо встроить так, чтоб реплицировалось. Для этого есть свои методы. Раз Вы интересуетесь — то видимо в курсе. На самом деле с расшифровкой геномов и пониманием процедуры кодирования проблема уже практически не стоит. Но мы на IT'шном ресуре. И приходится искать аналогию. Думаю, что ближайшей будет примерно такая — встроить код не поломав подпись. А для того, чтоб стало совсем понятно — встроить код в квайн не поломав подпись.

И уж если на то пошло, то давайте обозначим на понятном IT'шникам языке что представляет собой та самая технология CRISPR. Сможете предложить понятную аналогию? А я попробую — технология компьютерных вирусов времен MSDOS. Берем способный к размножению вирус. Вместо форматирования жесткого диска или проигрывания дурацкой музыки вставляем свой код, используя от вируса именно механизмы внедрения и размножения. Практически полный аналог гулявшей в свое время по BBS'кам Virus Creating Library — там тоже была возможность выбора полезной нагрузки или написания собственной. По сути примерно так работали «ванцинаторы» по д MSDOS. Охраняли файлы путем их вирусного заражения и сохранения контрольной суммы. И при заражении поднималась паника. Ровно так и с CRISPR. В носителе помимо полезной нагрузки остается кусок вирусного DNK. То что это хорошо не скажет ни один генетик. Вопрос лишь в том насколько это плохо. А вот тут мнения делятся. Впрочем в IT мире известны файлы, которые отказывались работать после вакцинации. Где гарантия, что подобный исход не постигнет модифицированный продукт? А где гарантия что оно не сработает на n-ой репликации?

Справедливости ради стоит сказать, что вроде как существуют технологии редактирования не оставляющие следов вирусного генома. Но, насколько мне известно, они пока тестируются и работают заметно хуже чем исходный CRISPR.

Опять же заметьте — это мы про редактирование. Вы же в статье пытаетесь убедить в том, что практически можно брать куски ДНК и производить себе на потребу дня бактерий или еще кого-то. Типа как программисты пишут код, генетики проектируют DNK и получают по ней образцы живых бионтов. Боюсь, пока до такого очень и очень далеко. Больше того, решению этой проблемы не поможет и полная расшифровка генома. Тут свои тараканы…
Если вставить куда попало кусок кода, то да полученная днк будет нерабочей.
Также как и в php код если воткнуть не глядя на синтаксис, другой кусок кода из рабочей программы, — результат копипаста перестанет выполняться.

А если куда надо удалось вставить, то днк работает, клетки с видоизмененной днк успешно делятся раз за разом и все нормально с репликацией, и новый функционал работает.
Эти технологии уже в продакшене.

Био программисты пока код не пишут, а копипастят но тем не менее, резутатов достигают. Уже и библиотеки используют.
Вот например лекция на ютубе по теме:
Эти технологии уже в продакшене.


В той сфере «продакшен» к слову тоже понимается несколько по другому. Для простейших это как правило выращивание в питательной среде (довольно старая технология), для растений микроклонирование — меристемное размножение (середина прошлого века), для животных… А тут все сложно. Законодательно сложно. Более мене пофиг Штатам. Но, блин, им всегда пофиг. И напалм, и ДДТ и инвазивные виды, заменяющие природные. Четкое ощущение того, что «после нас хоть потоп». И это уже неоднократно било по всему миру. Они главные поставщики всего генно-модифицированного. И соответственно наиболее продвинутые в части исследований. Но никто не может знать — не окажется ли это все очередной бомбой. Заметьте про тот же ДДТ — отложенное воздействие. Через много лет. И обнаружилось это уже тогда, когда инсектицид был в продакте. При чем не первый год (и даже не десяток лет).

Мое мнение на сегодня — простейших можно ставить на поток. Но не для вживления человеку или животным, а для тех мест, где используется их «продукция». Разложение органики, переработка пластмасс или что-то подобное. Даже тут работы непочатый край. Декоративные растения — ну пусть будет. Вроде как ничего особо страшного от них ждать не приходится. В принципе это и к высшим относится. Те же GloFish довольно давно обитают в аквариумах. Если будете смотреть — смотрите в картинках на google. В статье фотография исходной (природной) формы.

А вот для хозяйственного применения я бы повременил. Но тут Америка, которую мы в очередной раз перегоняем. Тут продовольственная безопасность (хороша безопасность когда семена за океаном закупаем, а выращенные из них у нас есть можно, но расти они не будут). Тут деньги. Потому, скорее всего, придется еще раз пройтись по граблям. В конце-концов как бы грубо это не звучало — человеков стало слишком много. Природа ищет способ сократить поголовье. Перестало получаться с внутривидовой агрессией, не получилось с со СПИДом и раком, так ГМО добьет.

А про лекции популяризаторов науки… Мои биологи мне сказали так: очень разные люди очень разные вещи очень по разному говорят. Не хочешь быть бараном, идущим за таким же бараном, но возомнившим себя вожаком — читай и изучай. Или не суди о темах, которых не знаешь. Сложно с ними не согласиться.
А подход к лицензированию биологи не хотят перенять? Выпустать протоколы под GPL, например…
Зарегистрируйтесь на Хабре , чтобы оставить комментарий