Ученые объявили о запуске проекта HGP-write, конечная цель которого — создание полного синтетического генома человека

[mwizard]

составить полную карту генома человека — основы жизни на планете Земля.

А почему геном человека является основой жизни? Мы не то, что не древнейший вид, мы даже не самый распространенный.

[ezhikov]

Наверное, пропущено слово «разумной».

[Vjatcheslav3345]

Вот обозвали бы этот геном «экспериментальной СУБД с базой данных, основанной на принципах хранения информации, которые используется живыми существами» — и никто бы не шелохнулся бы даже… И знало о её существовании в ближайшие 10 лет 1,5 почетных маразм-профессора на пенсии.

[T-362]

Рефакторинг! Оптимизация! В первую очередь нужно выпилить спагетти-код, один кусок ДНК кроме основных задач может заниматься совершенно посторонними делами — это какая-то фигня.

[amarao]

Внезапно, оказывается, что часть ДНК — это не «программа», а «данные». Как минимум, образцы вирусов для иммунитета (весь CRISPR на этом построен). Так что я бы поостерёгся рефакторить что-то, чего не понимаешь.

Юнит-тесты во все поля. С человеками юнит-тесты делать дорого, так что работаем на плодовых мушках, которые в контейнерах легко поднимаются и проходят простые интерграционно-репродукционные тесты.

[T-362]

Рефакторинг подразумевает наличие юнит тестов, если (когда) доведут до ума возможность выращивать по ДНК нужные ткани в машине то и мухи не понадобятся, а ДНК же вообще скорее не данные а интерпретируемый код сборки без строгой типизации (PHP какое-то...). Кстати насколько я помню CRISPR не человеческий механизм, так что это скорее не образцы вирусов а неисполняемый код вирусов, который в некоторых случаях эволюционно изменился и стал делать что-то полезное.

[amarao]

ДНК — это даже не «php», это ужасная мешанина из кода и данных, напоминающая ранние трюки с оверлеями в msdos, когда программа подгружала куски себя. В какой-то момент это данные, в другой момент это код. Ещё можно вспомнить демкостроительные приёмы, когда код использует куски себя как данные, которые похожи на нужные данные в силу тщательного подгона положения инструкций относительно друг друга. Или «некратные переходы» (в середину инструкции), меняющие смысл самих инструкций.

В ДНК нет никаких правил и «best practice», только безумные миллионы (миллиарды) лет оптимизаций, сопровождающиеся «неважными деградациями» (которые потом тоже используются для оптимизации).

Рефакторинг ДНК в человекочитаемую систему — это проект всей жизни. Если не больше. И речь про какую-нибудь самую маленькую и примитивную ДНК, не то, что ДНК человека.

[T-362]

>ДНК — это даже не «php», это ужасная мешанина из кода и данных
Казалось бы причем тут Bitrix.

Нет в ДНК никакой оптимизации, эволюционно ничего не провоцировало выживание особей с наиболее чистыми от мусора и оптимизированными генами. А вот если бы ареал обитания способствовал очищению цепочки от мусора, наверное нужно что-то типа легкого радиационного припекания, стимулирующего к выживанию существ с наиболее компактными и защищенными генами…

>Рефакторинг ДНК в человекочитаемую систему — это проект всей жизни.
Из статьи показалось что именно это и собрались делать, перечитал, понял что все пока не настолько круто, но все равно круто.

[amarao]

Оптимизация есть. Если какой-то ужасный невообразимый хак, локальная оптимизация, позволяет сэкономить пару процентов энергии на репликации, или ещё на чём-то — такой ген размножается.

[mrMidas]

ДНК — это даже не «php», это ужасная мешанина из кода и данных, напоминающая ранние трюки с оверлеями в msdos, когда программа подгружала куски себя.

А если учесть что этот код предназначен для 3Д-принтера печатующего системный блок и не содержит ничего из софта, который будет загружен из совсем других источников, то всё становится намного более запутанно…

[potan]

Эволюция такого бы не допустила!
Это лучшее доказательство рационального дизайна жизни — только большой коллектив неопытных инженеров такое мог бы сотворить!

[densss2]

Чё? Почитайте книжицу под названием «Язык Бога», за авторством упомянутого в статье Френсиса Коллинза, который хоть и является евангельским христианином, но является убеждённым эволюционистом.

[potan]

А как он объясняет возникновение гомосуксуализма? Ведь это совершенно антиадаптивный признак, а значит свидетельствует о божественном творении!

PS Еще классическая книза христианина-эволюциониста «Феномен человека» Тейьяра де Шардена.

[mrMidas]

Не знаю как Коллинз объясняет, но с точки зрения знаний об перинатальном развитии человека ничего странного нет. Генетически определённый пол можно переопределить во время внутриутробного развития. На 3-ем месяце можно изменить физический пол, а на 6-м гормональный. Изменения связаны с тем что плацента прозрачна практически для всех гормонов. При этом именно гормоны управляют формированием почти всех органов и в частности половой системы (фактически мать выступает гормональным прорабом). Так что достаточно значимого изменения в гормональном составе крови матери, что бы изменить пол у плода. И подобная коррекция генокода вполне оправдана эволюционно для видов с длинными периодами получения жизнеспособного приплода, т.к. за это время может сильно изменится окружающая среда. Впервые мы сталкиваемся с этим у тех яйцекладущих, у которых пол связан с температурой окружающей среды…

[SquareIronBox]

Сёстры гомосексуальных мужичков очень плодовиты.

[black_semargl]

Гомосексуализм обнаружен у более чем полутора тысяч видов животных

[gearbox]

>это ужасная мешанина из кода и данных,

Там просто компилятор оптимизирующий был, все нормально.

[MadBender]

Проще заново переписать

[ra3vdx]

Дико извиняюсь, но это и то и другое в равной степени.
Как «программа» — это сложнейшая сеть взаимодействия продуктов генов — белков.
Как «код» — информация, закодированная в ней несколькими (помимо триплетного кода) способами.

Что касается CRISPR — эта система имеется лишь у бактерий и архей. У эукариот другой механизм иммунитета.

[I-denis]

Я может что то пропустил — уже удалось собрать с нуля геном каких нибудь червей ли иного относительно простого многоклеточного организма. Про бактерий знаю. И сразу человек?

[Psionic]

Кстати да, разумная мысль, надо начать с существ по проще, а то вдруг геноме напутают чего — создадут слабого, или гибнущего на эмбриональной стадии индивида, или с ходу «не заведется», а это скандалы, тем более каково женщине будет вынашивать заведомо не жизнеспособного или сомнительно-жизнеспособного ребенка, ведь про искуственную матку пока речь, по видимому, не идет.

[SquareIronBox]

Там речи о выращивании человека и не идёт.

[black_semargl]

Ставить как цель собирание червя как-то неинтересно.
Ну а как промежуточный этап вполне сойдёт

[Vjatcheslav3345]

Достаточно развивать такой проект на совсем простом — вирусах, а найденные и апробированные решения потом перенести на, скажем, ткани, выращивая в машинах синтетическое пищевое мясо, для ликвидации дефицита белков, в медицину или ещё куда.

[ra3vdx]

Вы немного опоздали с идеей)
Насколько мне известно, генной инженерией занимаются с 70-х годов прошлого века.
Сыр, инсулин — вот это вот всё. Ну и прочее, что называется страшным (для кого-то) словом ГМО.
И да, вирусы, как вектор, для этого прекрасно используются.

[IronKaktus]

Прозвучит наверное банально, но на протяжении всей статьи не покидала мысль о фильме «Остров».

[mrMidas]

Исходя из того что из умения читать геном не следует его понимание, а судя по заявленным целям организаторы это осознают в полной мере, подобное предложение больше похоже на свидетельство канарейки: не публичный проект уже существует, работает и несогласные с подобной спешкой хотят подстегнуть общественное мнение к более деятельной позиции к данному вопросу…

[RedApe]

Если будет возможно воспроизводить заданный ДНК, то легко можно будет воскресить мамонтов и прочую вымершую живность, живущую не слишком давно.

Ведь ДНК мамонтов уже есть, только он поврежден. Хотя даже с тем что есть пытаются клонировать яйцеклетки слонов.

[Ra-Jah]

Существует активная теория, гласящая, что ДНК мамонта сохраниться не могла, а как следствие восстановление вида невозможно. Совсем.

[potan]

Могли сохраниться разрозненные фрагменты, из которых можно собрать полноценный геном.

[fireSparrow]

А отсутствующие фрагменты заменить на аналогичные из генома лягушки, умеющей менять пол.
Ой, кажется, это где-то уже было…

[betrachtung]

Одного лишь восстановления ДНК мало. Нужно воссоздать необходимые эпигенетические условия.
В целом, «воскрешение» мамонта, в отличие от создания мамонтоподобного слона — задача фантастической сложности, требующая полного понимания работы его ДНК и возможности симуляции существ с данным ДНК во многих поколениях. Думаю, не ошибусь, если назову эту задачу постсингулярной.

[worldmind]

Надеюсь они прочитают мои заметки https://gitlab.com/worldmind/ugly-human
Хотя мне кажется что ещё рано, вроде ещё не так хорошо изучили чтобы с нуля конструировать, не так давно хотели нематоду сделать и вроде ещё не сделали, а тут уже человека

[Squatch]

Удивительно, сколько талантливейших человеков работает над темой, если по ссылочкам походить-почитать. Тот же Джордж Чёрч, насколько я понимаю, — один из разработчиков CRISPR Cas9, и вообще один из тех, благодаря кому стоимость секвенирования ДНК упала на несколько порядков, до 1000$. Вот тут на днях интересное интервью с ним попадалось, близкое к теме. К слову, рекомендую полистать содержимое канала — там вообще много крутоты.

[hi-res]

Зачем визуализировать бумажную модель ДНК, если можно визуализировать её как она есть — со всеми электронными облаками или хотя бы их примерными подобиями. Из года в год продолжается это детское иллюстрирование. Нет там никаких лесенок.