Комментарии 30
95 т.р. за количество отчетов (получение информации, которая не пригодится) — многовато, учитывая, что обычный тест (здоровье + родословная) стоит всего-то 8 т.р.
А просто на FF сейчас скидка, всего 49$. До 26 декабря.
Вы сравниваете совсем разные продукты. Основа тестов 23andme — технологий ДНК-микрочипа. Она позволяет определить около 700 000 вариантов генов, это меньше 0,1% ДНК. У этой технологии есть определенные ограничения.
Основа теста Полный геном — полногеномное секвенирование NGS. Эта технология позволяет прочитать 95% всей ДНК. По исходным данным ДНК-микрочипа нельзя оценить риски онкологических заболеваний, эффективность лекарств, провести поиск мутаций, связанных со здоровьем, который вручную делает биоинформатик. Также по мере появления новых исследований, мы будем добавлять новые данные в интерпретацию. С ДНК-микрочипом так работает не всегда, так как на нем, опять же, ограниченное число вариантов генов.
Основа теста Полный геном — полногеномное секвенирование NGS. Эта технология позволяет прочитать 95% всей ДНК. По исходным данным ДНК-микрочипа нельзя оценить риски онкологических заболеваний, эффективность лекарств, провести поиск мутаций, связанных со здоровьем, который вручную делает биоинформатик. Также по мере появления новых исследований, мы будем добавлять новые данные в интерпретацию. С ДНК-микрочипом так работает не всегда, так как на нем, опять же, ограниченное число вариантов генов.
"По исходным данным ДНК-микрочипа нельзя оценить риски онкологических заболеваний, эффективность лекарств, провести поиск мутаций, связанных со здоровьем, который вручную делает биоинформатик."
Разве 23andme даёт исходные данные чипа без обработки?
23andme выдает сырые данные генотипирования, но их недостаточно для таких отчетов. Для них подходят только данные полногеномного секвенирования с глубиной покрытия не менее х30
что значит сырые данные генотипирования? чипы выдают аллельные варианты в конкретных точках. Полногеномное секвенирование принципиально выдаёт тоже самое только для большего количества точек (при этом Вы решили, что для достоверного определения хватает 30х покрытия – ваше право, но к сравнению точности методов это не применимо: Вы сами правильно отметили, что это разные методики).
Поэтому если кто-то выбирает между методами, то единственный критерий: нужно ему столько данных или нет. Полногеномное секвенирование – это возможный задел на будущее, но в наших реалиях и данных чипов с излишком.
А по поводу интерпретации данных – те же 23andme уже обжигались на этом. Слишком это «щепетильная» информация давать выводы о возможных предрасположенностях к заболеваниям неподготовленным пользователям.
Поэтому если кто-то выбирает между методами, то единственный критерий: нужно ему столько данных или нет. Полногеномное секвенирование – это возможный задел на будущее, но в наших реалиях и данных чипов с излишком.
А по поводу интерпретации данных – те же 23andme уже обжигались на этом. Слишком это «щепетильная» информация давать выводы о возможных предрасположенностях к заболеваниям неподготовленным пользователям.
Да, «сырые» обработанные данные генотипирования — это аллельные варианты в конкретных точках. Набор этих конкретных точек определяется чипом, на котором проводится генотипирование. В силу этого обстоятельства, а также того, что все интересные/важные/клинически значимые генетические вариации на один чип «не засунуть», возникает необходимость использовать технологии, позволяющие максимально полным образом описать генетическую вариабельность индивидуума при необходимости или наличии интереса.
Помимо этого, существуют мультиаллельные снипы (которых, на самом деле, очень много), правильное генотипирование которых сложно проводить на чипах, так как чип способен различить только две заранее заданные аллели для каждой генетической вариации. Эта проблема особенно остро встает в случае генетических вариаций, которые являются сложными инделами (complex INDELs) и мультиаллельными инделами, где вариабельность вставляемого (или удаляемого) фрагмента приводит к разным клиническим последствиям.
Решением этих проблем генотипирования на чипах является генотипирование с использованием в том числе данных высокопроизводительного секвенирования. Более того, все современные научные исследования и проекты (например, UKBB), которые оказали и продолжают оказывать огромный вклад в понимание и развитие геномики и смежных областей, были сделаны в том числе с использованием высокпроизводительного секвенирования, так как необходиомсть понимания взаимосвязей генетики и фенотипа уже давно вышла за пределы ~600000-1000000 вариаций, доступных на ДНК чипах. Также определение HLA-аллелей и многих других признаков, связанных с гипервариабельными участками ДНК, невозможно на чипе, но возможно при анализе данных высокопроизводительного секвенирования.
Среднее покрытие 30х часто используется как референс в разработках программного обеспечения для генотипирования с использованием данных NGS и рекомендовано к использованию в программных продуктах Broad Institute of MIT and Harvard. Такое значение средней глубины при условии высокого качества выравнивания (mapping quality) достаточно для высокого уровня чувствительности и специфичности определения альтернативных и референсных аллелей наследственных (germline) вариаций.
Исследования соматических вариаций требуют намного более высокого покрытия, так как частота вариантного аллеля может оказаться неопределимо низкой из-за межклеточной вариабельности геномов клеток опухолей. Такие исследования доступны в проекте Атлас Соло.
По поводу сравнения точности генотипирования на чипах и генотипирования с использованием NGS: вы можете ознакомиться с содержимым вот этой статьи, авторы которой проводили аналитическую валидацию генотипирования на чипах с использованием полногеномного и полноэкзомного секвенирования и показали высокую степень идентичности получаемых результатов.
Помимо этого, существуют мультиаллельные снипы (которых, на самом деле, очень много), правильное генотипирование которых сложно проводить на чипах, так как чип способен различить только две заранее заданные аллели для каждой генетической вариации. Эта проблема особенно остро встает в случае генетических вариаций, которые являются сложными инделами (complex INDELs) и мультиаллельными инделами, где вариабельность вставляемого (или удаляемого) фрагмента приводит к разным клиническим последствиям.
Решением этих проблем генотипирования на чипах является генотипирование с использованием в том числе данных высокопроизводительного секвенирования. Более того, все современные научные исследования и проекты (например, UKBB), которые оказали и продолжают оказывать огромный вклад в понимание и развитие геномики и смежных областей, были сделаны в том числе с использованием высокпроизводительного секвенирования, так как необходиомсть понимания взаимосвязей генетики и фенотипа уже давно вышла за пределы ~600000-1000000 вариаций, доступных на ДНК чипах. Также определение HLA-аллелей и многих других признаков, связанных с гипервариабельными участками ДНК, невозможно на чипе, но возможно при анализе данных высокопроизводительного секвенирования.
Среднее покрытие 30х часто используется как референс в разработках программного обеспечения для генотипирования с использованием данных NGS и рекомендовано к использованию в программных продуктах Broad Institute of MIT and Harvard. Такое значение средней глубины при условии высокого качества выравнивания (mapping quality) достаточно для высокого уровня чувствительности и специфичности определения альтернативных и референсных аллелей наследственных (germline) вариаций.
Исследования соматических вариаций требуют намного более высокого покрытия, так как частота вариантного аллеля может оказаться неопределимо низкой из-за межклеточной вариабельности геномов клеток опухолей. Такие исследования доступны в проекте Атлас Соло.
По поводу сравнения точности генотипирования на чипах и генотипирования с использованием NGS: вы можете ознакомиться с содержимым вот этой статьи, авторы которой проводили аналитическую валидацию генотипирования на чипах с использованием полногеномного и полноэкзомного секвенирования и показали высокую степень идентичности получаемых результатов.
Разве 23andme даёт исходные данные чипа без обработки?
raw файл с указанием какой аллель в какой позиции (прошу прощения, если не очень точно выразился) — даёт. Или что Вы имеете под исходными данными? График сигнала по каждой из позиций? Или фотографию мирочипа? )))
Полногеномное секвенирование принципиально выдаёт тоже самое только для большего количества точек (при этом Вы решили, что для достоверного определения хватает 30х покрытия – ваше право, но к сравнению точности методов это не применимо: Вы сами правильно отметили, что это разные методики).
Я так понимаю, что нет. Полногеномное — это условно, множим Вашу ДНК, режем на кусочки, далее считываем, а потом клеим поверх референсного генома человека. С какой-то вероятностью осознаем, что в позиции Х находится нуклеотид У.
Микрочипирование по идее точнее — т.к. оно проверяет, если, правильно понимаю, конкретное основание в конкретной позиции. Сигнал либо есть, либо его нет.
Я так понимаю, что нет. Полногеномное — это условно, множим Вашу ДНК, режем на кусочки, далее считываем, а потом клеим поверх референсного генома человека. С какой-то вероятностью осознаем, что в позиции Х находится нуклеотид У.
Микрочипирование по идее точнее — т.к. оно проверяет, если, правильно понимаю, конкретное основание в конкретной позиции. Сигнал либо есть, либо его нет.
чип в этом плане не точнее. В чипе есть синтетическая ДНК, к которой «прилипает» Ваша похожая ДНК, но если такая похожая есть в нескольких участках генома, то может быть ошибка. Просто чипы делают на заранее выбранные точки и они уже проверены на такие ошибки, а при NGS нахождение какой-то новой неизученной и вероятно значимой мутации – это повод для перепроверки другими методами.
Конечно, я буду сравнивать, ибо я в этом не шарю, как и большинство из нас. Сравнительная информация на сайте Атласа предсавлена между двумя продуктами самого Атласа. И выглядит, скажем, как очередная непонятная реклама. То, что вы написали — выглядит более убедительно. Но, опять-таки, требуется дополнительная проверка, т.к. вы, очевидно, заинтересованый человек в продаже этого продукта, а продукт не из дешевых.
А чего сравнивать? Если читать не профессиональную, а хотя бы любительскую литературу, то Вы узнаете, что даже полногеномное сканирование бывает разное. И какое-нибудь х5 для медицины вообще не годится. Т.к. будут пропуски серьезные и некоторые участки будут нестабильно распознаны. Касательно сравнения с 23andme — это вообще разные технологии. И 23andme делают тест на микрочипа. Таком же как и ancestry, ftdna, myheritage.
kablag, интересный факт — я так понял, что эти микрочипы изначально были заточены на медицину, но потом внезапно оказалось, что они родство между людьми определяют очень хорошо. Почему и стали использоваться для "нахождения своих корней" и "этноотчетов". Что сейчас и является целевой услугой указанных лабораторий. Я попробовал было сам поинтепретировать результаты… ну, например, есть классный сервис Promethease. И был очень разочарован, потому что интерпретации, как Вы сами заметили, очень противоречивые, а риски болезней очень зависят от множества позиций и их комбинаций, в том числе и не включенных в эти обследуемые этими микрочипами. Поэтому мое мнение, что попытка узнать свое здоровье по ним… Это как гадание на кофейной гуще.
я так понял, что эти микрочипы изначально были заточены на медицину, но потом внезапно оказалось, что они родство между людьми определяют очень хорошо.
не совсем так, FDA запретил им заниматься выдачей диагнозов или результатов напоминающих диагнозы. Сейчас они могут выдавать результаты по ограниченному списку заболеваний customercare.23andme.com/hc/en-us/articles/211831908-23andMe-and-the-FDA
Кстати у Атласа, как я понимаю, регистрационных удостоверений минздрава на тесты нет и на них врачи ориентироваться не могут. Собственно и назначать не могут, так как в схемах лечения этого нет. Просто пока на это смотрят сквозь пальцы.
Поэтому мое мнение, что попытка узнать свое здоровье по ним… Это как гадание на кофейной гуще.
NGS в этом плане не сильно лучше. На самом деле заболеваний, при которых определённая мутация приводит к достоверному проявлению не так много. Большая часть изменений или дают какой-то небольшой вклад, или настолько критичны, что являются летальными и такие люди просто не рождаются. Кроме того нужно знать, как информация об этих изменениях повлияет на терапию: и тут тоже, в большинстве случаев – никак.
Поэтому если есть желание и деньги: делайте полногеномное секвенирование – хуже не будет, но чуда ждать не стоит. Только если Вы не слишком мнительный человек и потом не начнёте у себя диагностировать то, чего нет :) А так, то что здоровый образ жизни и ежедневная зарядка улучшает самочувствие понятно и без NGS :) Особенно это забавно в части спортивных достижений: генетика там работает в лучшем случае для спортсменов уровня олимпийской сборной.
не совсем так, FDA запретил им заниматься выдачей диагнозов или результатов напоминающих диагнозы
ну, правильно, потому что генетика — это не 100%, есть еще фактор среды. Не рассматриваем строго детерминированные болезни вроде гемофилии или дальтонизма. Но я к тому, что этнокалькуляторы и определение родства появилось, по-моему, существенно раньше, чем запрет FDA на "диагнозы" 23andMe.
А так, то что здоровый образ жизни и ежедневная зарядка улучшает самочувствие понятно и без NGS
Это точно!
делайте полногеномное секвенирование – хуже не будет, но чуда ждать не стоит.
Я думаю, что мотивация какая. Если сделать сделать NGS, то результаты остаются с вами, а, следовательно, спустя некоторое время можно будет получить более уточненную интерпретацию, не переделывая тест, т.к. наше понимание того за что какие гены отвечают будет только улучшаться. С другой стороны, спешки никакой нет — по идее с развитием технологий цены должны только падать, а технология становиться более массовой.
asyaaam
Вот очень интересно — есть ли "истории успеха", когда человек сдал полногеномный тест, и это радикально помогло ему улучшить жизнь? Я не говорю про кейсы, когда сирота нашла своих родителей — это уже избитые случаи и не особо интересные. Речь именно про состояние организма.
В России в целом нет никаких «регистрационных удостоверений минздрава на гентесты». Врачи, при желании, могут ориентироваться на результаты тестов, так как за каждым результатом стоит достаточное количество научных публикаций с высоким уровнем доказательности, и врачи могут их увидеть и прочитать. Одобрение минздрава на каждую конкретную публикацию, разумеется, не требуется. Компетентный врач сам может сделать вывод о том, насколько предоставляемые результаты тестирования могут помочь в терапии/скрининге.
Моногенных заболеваний существует достаточно много — несколько сотен. На ВГС странице сайта Атласа указано, что проводится поиск по почти 400 моногенным заболеваниям, и, очевидно, это не все.
В моногенных заболеваниях нет «небольшого вклада» какого-либо аллеля какой-либо генетической вариации. Там либо есть мутация, и продукт гена не работает/работает не так, как должен, либо ее нет и все ок. Когда вы говорите о летальных заболеваниях, не забывайте, что любой человек, имея здоровый набор хромосом, может быть носителем моногенного заболевания (мутация на одной хромосоме из двух, если речь про аутосомы). Очень часто носительство таких заболеваний не проявляется фенотипически. При планировании беременности наличие знаний о носительстве моногенных заболеваний обоими партнерами критично по очевидным причинам.
Помимо прочего использование NGS дает очевидные профиты в виде детального анализа гипервариабельных участков и CNVs.
Моногенных заболеваний существует достаточно много — несколько сотен. На ВГС странице сайта Атласа указано, что проводится поиск по почти 400 моногенным заболеваниям, и, очевидно, это не все.
В моногенных заболеваниях нет «небольшого вклада» какого-либо аллеля какой-либо генетической вариации. Там либо есть мутация, и продукт гена не работает/работает не так, как должен, либо ее нет и все ок. Когда вы говорите о летальных заболеваниях, не забывайте, что любой человек, имея здоровый набор хромосом, может быть носителем моногенного заболевания (мутация на одной хромосоме из двух, если речь про аутосомы). Очень часто носительство таких заболеваний не проявляется фенотипически. При планировании беременности наличие знаний о носительстве моногенных заболеваний обоими партнерами критично по очевидным причинам.
Помимо прочего использование NGS дает очевидные профиты в виде детального анализа гипервариабельных участков и CNVs.
При планировании беременности наличие знаний о носительстве моногенных заболеваний обоими партнерами критично по очевидным причинам.
Вообще-то основное делают по ОМС… Там тест на десяток заболеваний, если мне не изменяет память. Либо можно сделать его в любой лаборатории.
А что считать основным? В пренатальные скрининги по ОМС входят хромосомные аберрации типа синдромов Дауна, Патау, Эдвардса и т.п. Это хромосомные заболевания, а не моногенные, о которых шла речь выше. Хромосомные заболевания вообще не могут тестироваться на ДНК-микрочипах в силу особенностей самого процесса, хотя они иногда используются для анализа CNV небольших регионов.
В России в целом нет никаких «регистрационных удостоверений минздрава на гентесты».
не вводите людей в заблуждение. Любые наборы/приборы используемые в медицине должны иметь регистрационные удостоверения. Вот пример таких наборов для генетического тестирования www.dna-technology.ru/production/genetika-cheloveka
Компетентный врач сам может сделать вывод о том, насколько предоставляемые результаты тестирования могут помочь в терапии/скрининге.
проблема, что результат должен быть получен «методом с РУ».
Моногенных заболеваний существует достаточно много — несколько сотен. На ВГС странице сайта Атласа указано, что проводится поиск по почти 400 моногенным заболеваниям, и, очевидно, это не все.
для выявления моногенных заболеваний не обязательно секвенировать весь геном.
Ещё раз повторю, что я не против секвенирования полного генома. Готов и себе сделать :)
Проблема в том, что в Европе существует разрешение CE IVD, которое подтверждает медицинскую валидность тестов на чипах. Модификация чипов в Европе и РФ одинаковая. А в РФ не создана пока законодательная база для регистрации сложных генетических лабораторных технологий, тем более, что мы регулярно вносим изменение в количество снипов на чипе.
ПЦР наборы, о которых вы говорите, по определению не являются тем, что подразумевается под обсуждаемым здесь «генетическим тестом». Регистрационных удостоверений в России для ДНК-микрочипов не существует.
На настоящий момент генотипирование на чипах и с NGS в России является скрининговым методом (отсюда и отсутствие законодательного регулирования), а не методом диагностики. При обнаружении положительных результатов при скрининге врач должен принять решение о валидации обнаруженной вариации сэнгером или пцр.
Для выявления моногенных заболеваний можно секвенировать экзом, что будет стоить примерно так же, как и полный геном. Разница в ширине покрытия будет компенсироваться глубиной покрытия. В любом случае, для скринига моногенных заболеваний лучше секвенировать, а не делать ПЦР, используемый для валидации. ПЦР, как и чип, заточен под наличие/отсутствие конкретной вариации. Во многих заболеваниях спектр мутаций, приводящих к плюс-минус одинаковому клиническому проявлению, намного шире.
На настоящий момент генотипирование на чипах и с NGS в России является скрининговым методом (отсюда и отсутствие законодательного регулирования), а не методом диагностики. При обнаружении положительных результатов при скрининге врач должен принять решение о валидации обнаруженной вариации сэнгером или пцр.
Для выявления моногенных заболеваний можно секвенировать экзом, что будет стоить примерно так же, как и полный геном. Разница в ширине покрытия будет компенсироваться глубиной покрытия. В любом случае, для скринига моногенных заболеваний лучше секвенировать, а не делать ПЦР, используемый для валидации. ПЦР, как и чип, заточен под наличие/отсутствие конкретной вариации. Во многих заболеваниях спектр мутаций, приводящих к плюс-минус одинаковому клиническому проявлению, намного шире.
ПЦР наборы, о которых вы говорите, по определению не являются тем, что подразумевается под обсуждаемым здесь «генетическим тестом».
честно говоря не понял, что под генетическим тестом Вы в данном случае понимаете только NGS и чипы.
На настоящий момент генотипирование на чипах и с NGS в России является скрининговым методом (отсюда и отсутствие законодательного регулирования), а не методом диагностики.
Скрининговым NGS является пока кто-то первый РУ не получит. Думаю и Атлас пытается это сделать, хотя вряд ли для всего генома. Вопрос только когда :)
Для выявления моногенных заболеваний можно секвенировать экзом, что будет стоить примерно так же, как и полный геном.
дешевле в несколько раз: т.е. десятки тысяч рублей.
Разница в ширине покрытия будет компенсироваться глубиной покрытия.
и тем самым большей достоверностью для действительно полезной информации
В любом случае, для скринига моногенных заболеваний лучше секвенировать, а не делать ПЦР, используемый для валидации.
это естественно
У генотека более глубокие тесты на технологии ДНК микрочипа. На распродажах генетический паспорт стоил 10 000р https://www.genotek.ru/genetics/health/
Если мы сравниваем полногеномные исследования, то вы правы. У Генотека оно тоже есть. Только полная расшифровка генома у них стоит 249 000. Кстати, у нас тоже была распродажа на Черную пятницу. Наш генетический тест «Атлас» на ДНК-микрочипе стоил 9900.
Нет, я имел ввиду именно про тест ДНК по средствам чипа. Сколько вы генов исследуете в тесте ДНК-микрочип?
С помощью ДНК-микрочипа не исследуют гены полностью. Мы исследуем около 660 000 вариантов генов. Подробнее в нашей первой статье.
Чипы хорошо зарекомендовали себя в агро-секторе, на животных и растениях. Там они идут как пирожки. Видимо не так критична валидность точечной ошибки, если в целом все совпадает.
Специалисты считают, что чипы для генотипирования человека, в скором времени станут узко направленными. Такие как Human 24 или HumanCoreExome, на которых и Атлас и 23иМе и прочие делают генотипирование окончательно перейдут в класс «развлекательных» или уйдут.
У Атласа, если я не ошибаюсь, свой, кастомизированный чип, в целом он совпадает с стандартным Illumina вским, но есть различия.
Специалисты считают, что чипы для генотипирования человека, в скором времени станут узко направленными. Такие как Human 24 или HumanCoreExome, на которых и Атлас и 23иМе и прочие делают генотипирование окончательно перейдут в класс «развлекательных» или уйдут.
У Атласа, если я не ошибаюсь, свой, кастомизированный чип, в целом он совпадает с стандартным Illumina вским, но есть различия.
Атлас использует микрочип illumina. Мы пишем об этом на сайте.
Я про это и пишу, так называются чипы у Иллюмины, HumanOmniExpress-24, сейчас по моему он зовется Infinium OmniExpress-24. Вся серия Omni была заточена под WGGT.
У иллюмины куча чипов, судя по количеству и качеству маркеров это GSA, причем первой версии.
Зарегистрируйтесь на Хабре, чтобы оставить комментарий
Задача №1. Узнайте пол и степень родства