В общем то можно (мысль проверить была, но когда увидел сколько он вытаскивает библиотек она отпала), но при этом придется соблюсти все зависимости. При сборке они проводит тестирование в указанном окружении jira или confluence.
При первой синхронизации хранилища, когда maven выкачивает стуктуру библиотек, то он сам создает в таком формате папки. Если посмотреть а файле mail-1.3.2.pom то уже указаны groupId и artifactId, и в этом соответсвии устанавливаем нужную библиотеку. Так что все верно.
С чего начать разработку плагина для JIRA?