Zenject используется по той причине, что это все еще достаточно мощный фреймворк не смотря на то, что последний раз был обновлен в 2019м году. Механизмы валидации, фабрики, пулы, саб-контейнеры, сигналы позволяют построить достаточно гибкие системы.
Сейчас это одно и то же. Что именно там произошло, я не в курсе, похоже на слияние (помирились). Как бы там ни было, автор код поддерживает - это главное, проект живой.
Не монолитом единым. Модульный подход в Unity