Comments 68
С нетерпением жду продолжения! Спасибо за замечательные статьи!

Интересуют такие вопросы:
1) Куда лучше идти учиться, чтобы заниматься генной инженерией и получить максимум практики (в качестве второго высшего образования наверно, интересуют ВУЗы России и Украины, конкретно названия факультетов)
2) Сколько лет нужно учиться, если уже есть высшее образование (специалист/магистратура) в области IT.
Для поступления в магистратуру — обычно специальность. Для неспециалиста экзамен суровый, готовиться придется несколько месяцев.
Спасибо огромное ) Давно ТАКИХ статей на хабре не было. Читается моментом.
Даже с трудом понимая большую часть написанного, очень хочется лицезреть светящуюся елку в конце цикла статей :)
1) МГУ факультет Биоиженерии и биоинформатики, или кафедра Биоиженерии биофака.
2) 5 лет.
3) Биология или Физика, Химия, Математика, Русский
1. СПбГУ, МГУ, Политех. Это то что я знаю, наверное есть и другие.

2. Если хорошо взяться за дело, то это года 2-3.

Но я не советую не бросать IT в любом случае. Очень актуальная область сейчас — это биоинформатика, там требуются навыки как биологов, так и программистов.
С другой стороны, достойная работа во всех этих областях есть пока только на западе.
Бросать IT никто и не собирается, Вы что! :)
По поводу биоинформатики — да, это для меня очень интересно.
Просто думаю сейчас — податься мне в аспирантуру или получить высшее в области биологии (думаю что второе все-таки более расширит мой кругозор и откроет новые горизонты для исследований, больше всего интересует генная инженерия и нейробиология, я нахожу эти направления весьма интересными в связке с IT).
В этом случае лучше идти в аспирантуру, а кругозор можно расширять самостоятельно, имхо разумеется.
Как вариант — идти в аспирантуру именно на биоинформатику.
Мне кажется — для того, чтобы идти в аспирантуру на биоинформатику нужно больше фундаментальных знаний биологии.
Кроме того в случае с аспирантурой — у меня есть своя тема, по которой я хотел бы писать научную работу в области IT (пока только проблема найти преподавателя, которому эта тема была бы так же близка), работать над другими темами, которые навязывают преподаватели мне не так интересно.
Что касается биологии — я хочу для начала получить необходимый для каких-то научных работ уровень знаний (2-е высшее), а потом уже думать, чем конкретно в этом направлении я хотел бы заняться.
Не сказать что все биоинфоматики истинные биологи. Среди них много математиков. Например есть много работы связанной с работой с нуклеотидными или белковыми последовательностями, разработать алгоритм для анализа, и, в таком случае, тебя волнует только то что словарь в первом случае 4 буквы, во втором 20. Вот в анализ результатов работы биософта уже полезны знания в области биологии.
Я вот перед таким же выбором сейчас стою. Всегда восхищался генной инженерией и чувствовал определенное родство с IT в подходах и методах.
У меня друг из новосибирского академгородка, профессиональный биоинжинер. Туда и советует поступать, «как раз, и биотехнология, и чистая генетика, и биоинформатика» И автору статьи просил передать респект, «Я бы наверное не сумел так просто и доходчиво описать процесс биоинженерии, хотя и занимаюсь этим профессионально».
ждем продолжения. Действительно интересный пример когда IT и биология работают рука об руку…
Ну честно говоря для меня генная инженерия сродни программированию.
Думаю после завершающей статьи может возникнуть очень забавный хабраэффект. %)

А статья интересная.
неее, выведут трансгенный светящийся десятиядерный проц :)
С нетерпением жду третью часть.

* Уехал отлавливать бутявок :)
Так и видится, что скоро придется в магазин идти за LEGO- генным конструктором для сына. А потом все эти твари у нас дома будут жить…
ага, дома. вы доктора хауса как будто не смотрите )) жить они будут у вас в печени, почках, легких и мышцах )))
Одна из лучших статей, которую я читал на Хабре. Да и вообще которую читал.
UFO landed and left these words here
UFO landed and left these words here
Это сложнее чем программирование.
Огромнейшее спасибо за написание столь сложного и интереснейшего материала :)
имхо, это напоминает копание в декомпилированном чужом коде… который, вполне возможно защищен копирайтом! )))
Эх, огромен мир вокруг… вот пару часов назад узнал, что есть такие Лера и Ранетки (дай бог им здоровья, а мне — никогда про них больше не слышать :) ).

А сейчас читаю про то, что кто-то покупает на фирме красавицу-плазмиду (!) и инсталлирует туда гены (!!). Здорово. Ощущения смешанные. С одной стороны, это всё безумно круто и интересно. А с другой стороны, как же каждый из нас далёк едва ли не от всего остального… Если бы тут появился человек, который бы рассказывал про ремонт электровозов, и там бы нашлось куча всего интересного, наверно.

Мне вот что реально интересно. Разные области науки-техники ведь могут быть очень полезны друг другу. Понятно, что то же программирование в той же биологии может весьма помочь. Но как много специалистов с двойным образованием, которые на практике сумеют заполнить промежутки между направлениями в науке-технике?..
Геномика — это анализ последовательностей. Последовательности длиной в миллиарды нуклеотидов.
Программирование тут не просто может помочь, без программирования (т.е. без программ для обработки) это вообще невозможно. Учитывая достижения в технологиях секвенирования, наиболее актуальной становится именно задача обработки.
Специалистов тут не нужно какое-то сверхъестественное число. Но тех что есть — маловато.
Это я понимаю. У меня у самого научный руководитель занимается алгоритмами обработки строк. Сравнение, нечёткое сравнение, поиск подстрок, сравнение строк, сжатых архиватором (без распаковки), онлайн-поиск (когда строки поступают постепенно по каналу связи, и конец ещё недоступен). Он так и говорил, что применение в генетике очевидно.

Но это верхушка айсберга, это лежит на поверхности, и любой, кто чисто теоретически знает, что нуклеотиды можно кодировать буквами, чисто теоретически может предположить пользу строковых алгоритмов.

Немного в сторону. Я года четыре назад был в одной больнице у знакомого доктора, видел их жизнь изнутри. Вроде у них и компы везде стоят, и как бы автоматизировано-компьютеризовано. Но для меня это выглядело почти так, как будто бы они компьютерами гвозди забивают. То есть мне бы знать их врачебную специфику, я бы им workflow так наладил, как им и не снилось.

То есть мне кажется (и это касается не только геномики и биологии вообще, а чуть ли не любых двух специальностей X и Y), проблема в том, что специалист в X не знает, что может пригодиться специалисту в области Y. А специалист из Y не знает, чем хотя бы теоретически ему может быть полезны знания спеца из X.

Другой впечатливший меня пример. Пару лет назад одна преподавательница усиленно продвигала метод обучения, весьма упрощённо описывающийся как «сначала даём задачи решать, а потом уже теорию, нужную для решения этих задач». Какие-то статьи писала, экспериментировала. А потом появился на горизонте некий инженер-математик, который пожал плечами и сказал, что всё это очевидно, что получается система с положительной обратной связью, и что он может легко формально доказать, что всё это работает :)
Но ведь преподавательнице и в голову бы не пришло спросить математиков-инженеров про их формальные методы!
Есть такая специальность, как системный аналитик. Это как раз тот человек, который может побеседовать и с теми, и с другими (в вашем случае с врачами и IT-специалистами) и дать им возможность понять друг друга.

Мне очень часто приходится работать без ТЗ. Замечал, что даже если максимально подробно и долго распрашивать, из вида может ускользнуть какая-то деталь, заказчики могут что-то не то рассказать, о чём-то забыть, что-то не предусмотреть. Фактически, системный аналитик должен обладать навыками получать максимально полную информацию о требуемой системе. Я так понимаю, что системные аналитики бывают в разных сферах, но совсем не обязательно им иметь 2 высших образования.

Кстати, так же посмотрите язык UML (universal markup language) — средство описания любых объектов, задач, целей. Зачастую результатом работы системного аналитика и является схема в UML.
UFO landed and left these words here
Под бутявкой понимается какая-нибудь светящаяся медуза.

У елки органа не появится, просто она будет вырабатывать светящийся белок и начнет светиться вся целиком.
Нет, под бутявкой подразумевается именно Бутявка!
Бутявка Марина, которая живёт на Мальдивах.
UFO landed and left these words here
Подойдёт, просто нужно, как я понимаю, работать с условиями, при которых ген начинает «работать» в органе — точнее в иголках вашей ёлки.
Ну почему, подойдет. Просто нюансы могут быть :)
Насчет светляка же вообще все интересно. Светится ведь не сам светляк, а симбиотические бактерии в его светящемся органе. А регулирует свечение он перекрывая им кислород, в прямом смысле (сжимая или разжимая подводящие кровеносные сосуды).
UFO landed and left these words here
Флуоресцентрные белки бывают не только зеленые, а вообще любого оттенка. И светить не обязательно ультрафиолетом, например для красного флуоресцентного белка максимум возбуждения приходится на зеленую область спектра. Флуоресентные белки хороши тем что не требуют для своей работы ничего, т.е. их с плазмиды в клетке насинтезировало и все, они плавают в цитоплазме клетки и светятся. Если хочется серьезную «лампочку» то есть куча других флуорофоров, например люциферин который заставляет светиться светлячков. Но тут возникает проблема — для люциферина нужен субстрат, т.е. топливо, просто так он в чужеродной клетке не светиться.
«например для красного флуоресцентного белка максимум возбуждения приходится на зеленую»
Т.е. при облучении зелёным светом мы видим красный? :)
Да, это и есть явление под названием флуоресценция. При этом сообствено не обязательно светить именно зеленым, просто это наиболее эффективный для RFP диапазон.
Точнее люциферин и есть субстрат, его добавляют в среду, а светиться его заставляет фермент-люцифераза :)
При этом неплохо бы конечно закодировать в клетке и люциферин, но его синтез довольно сложен, поэтому там действительно нужен не один ген и все становится намного сложнее.
Точно. Я просто флуоресцентными белками занимаюсь, люциферазу пару раз только в обзорах встречал, вот и не запомнилось.
Наконец начал улавливать смысл всех этих полосок и кольцевых диаграмм, то есть почему эти сущности именно так визуализируют:) Помню, как в начале 1990х, уже немного погамившись, впервые увидел работу какой-то досовской утилиты… какие-то странные номера и последовательности символов… в рамках да еще и на цветном экране8). Вот и на это смотришь и видишь, что здесь передовой край сложности, работы в буквальном смысле дофига, и кто-то уже способен врубаться (hack) в эти вещи интуитивно, на лету, а для кого-то это так и останется, как высказался Кларк, неотличимо от магии и он будет за это башлять бабки$)

Автору мегазачет, так рассказывать о таких вещах — это талант. Ждем продолжения.
Подскажите литературу «Генетика for dumes» или «Своя боцила за 24 часа». Очень интересная тематика. С чего начать разбираться?
бацилла ;)

К сожалению не знаком с популярными книжками по этой тематике. В свое время читал старые советские из серии «Эврика», но это 15 лет назад было, сейчас данные оттуда несколько устарели.

С другой стороны www.books.ru/shop/search?search_type=+&query=%E3%E5%ED%E5%F2%E8%EA%E0&x=0&y=0
Есть куча книг, в аннотации которых говорится что они популярные. Мне кажется если погуглить по названию и автору, то можно еще не заказывая понять, адекват это или нет.
Есть «bioinformatics for dummies» (есть на bookgo.org) и Занимательная Биохимия (не точно, найду напишу название и автора)
Я понял о ком писала Людмила Петрушевская «Сяпала Калуша с Калушатами по напушке. И увазила Бутявку, и волит: — Калушата! Калушаточки! Бутявка! Калушата присяпали и Бутявку стрямкали. И подудонились...»
Это про генети… тьфу, биотехнологов :)
Вопрос по статье.
После того как мы интегрировали при помощи плазмиды наш ген bl1 в бактерию кишечной палочки, и добились её роста(самокопирования), будут ли полученные колонии этой самой бактерии светится?
Ведь они уже содержат ген свечаения…
«Так как мы ввели промотор, работающий у растений, то светиться такие бактерии не будут. Если бы мы ввели бактериальный промотор, то на этом шаге культура бактерий бы засветилась.»
очепятка «на разрезая сам ген» :(

спасибо за статью, очень интересно
последняя часть второй части :) напомнила мне загрузку OS :) всё также… предзагрузчики, закгрузчики… :)) забавно…
Э… «Допустим, британские ученые как раз недавно открыли ген синего свечения.», так всётаки ген свечения найден, или мы только допускаем его нахождение британскими учёными?
Не дожидаясь заключительной статьи, беру больничный и еду искать бутявку :D

Пожалуйста, как и в этот раз, напишите заключительную статью — киньте линк в личку.

Статья очень понравилась, читать было легко и интересно. Очень порадовали картинки, продолжайте в том же духе. Мне очень нравятся иллюстрации! Спасибо вам!
Будет, и уже написано, просто я сильно занят оказался и никак до ума не довести.
Only those users with full accounts are able to leave comments. Log in, please.