Разрабатываем утилиту на GraalVM

Для передачи содержимого папки обычно применяют приём называемый tar pipe.
Почему не scp?

Еще rsync есть, тоже позволяет слать директории по сети, и быстро. Но он принципиально не отличается от scp/ssh, т.к. он тоже будет работать через ssh в данном случае.

Вообще-то, использование пакета com.sun.* считается моветоном

Это, кстати, не совсем так. В com.sun.*, в отличие от sun.*, нет ничего зазорного, т.к. com.sun.* это вполне себе публичное и задокументированное API; это такая же библиотека, как и все остальное что вы можете притащить из репозиториев, просто распространяется вместе с Oracle JVM (не знаю точно, есть ли она в OpenJDK, но скорее всего да).