Как я ускорил обработку изображений на Android в 15 раз

Скорее всего Вы не нашли как.
Даже на уровне кривого хака, от человека который ничего не смыслит в андроиде, там наверняка есть файловые и строковый операции. Которые позволяют сделать следующее:

у нас есть одно общее векторное SVG изображение всего тела.
мы знаем какие ноды (контуры) векторного изображения отвечают за те или иные мышцы.
мы знаем что нужно прописать в свойстве ноды, чтобы изменился цвет заливки (SVG прост как три копейки)
Размер такого SVG файла будет мизерный.
Открыли файл как ресурс для работы со строками (наверняка такая функция в Андроиде есть), поменяли в файле нужные ноды (хоть поиском и заменой по шаблону).
сохранили новый файл.

Если андроид не умеет показывать SVG, в чем я сильно сомневаюсь, он наверняка умеет конвертировать один формат в другой.

Профит.

Я разработкой под Android не занимался, но неужели не существует простого 2D движка с рендером на GPU с поддержкой SVG без предварительной растеризации в текстуру? Батарейку сильно жрать не должно, так как перерисовку не нужно будет выполнять постоянно как в играх.

Я не про то, никакого наложения вообще.
Рисуем целую фигуру человека, со всеми группами мышц, как на заглавной картинке в статье. Каждую группу мышц рисуем своим цветом. Полученное изображение сохраняем как PNG с палитрой и кладём в ресурсы приложения. 256 цветов должно хватить за глаза.

Затем, когда нужно отобразить фигуру, формируем палитру в которой элементы, соответствующие нужным нам группам мышц, заменены на RGB значения, которыми мы их хотим раскрасить. Цвета незадействованных групп мышц устанавливаем в серый.
Рисуем изображение с применением этой палитры.

String также необходим для поиска, хранения в бд, статистики и тд.

Элементам enum-a можно добавить дополнительные аттрибуты:

public enum SomeEnum {

    FOO(123, "Alpha"),
    BAR(345, "Beta"),
    BAZ(567, "Gamma");

    private int id;

    private String description;

    SomeEnum(int id, String description) {
        this.id = id;
        this.description = description;
    }

    public int getId() {
        return this.id;
    }

    public String getDescription() {
        return this.description;
    }

}

public class Test {

    public static void main(String... args) {
        for(SomeEnum value : SomeEnum.class.getEnumConstants()) {
            System.out.println();
            System.out.println("Enum Name:        " +  value.name());
            System.out.println("Enum Id:          " +  value.getId());
            System.out.println("Enum Description: " +  value.getDescription());
        }
    }

}