Метаморфозы атрибутов класса

изменения значения атрибута у всех инстансов, как это происходит при обращении через __class__

А у кого тогда должно обновиться свойство в таких случаях?

class x():
    prop=1

class y(x):
    pass

inst = y()
inst.prop = 555
inst.__class__.prop = 666

ЗЫ.
Почти во всех языках (а может и во всех), если можно получить доступ к свойству класса через свойство экземпляра, то присваивание значения через свойство экземпляра присваивает/обновляет именно свойство экземпляра, а не свойство объекта/класса, откуда унаследовалось.

Так я и написал:

Обычное перекрытие свойств класса свойствами объекта.

Это не подмена. Просто пока не создано свойство объекта с помощью присваивания ему значения, получаешь доступ на чтение к свойству класса или его суперклассам (что «ближе» к объекту). В JavaScript такое же поведение.

причем не описанная в документации.

Описанная. Есть минимум в одном месте:

Class instances

A class instance is created by calling a class object (see above). A class instance has a namespace implemented as a dictionary which is the first place in which attribute references are searched. When an attribute is not found there, and the instance’s class has an attribute by that name, the search continues with the class attributes. If a class attribute is found that is a user-defined function object, it is transformed into an instance method object whose __self__ attribute is the instance. Static method and class method objects are also transformed; see above under “Classes”. See section Implementing Descriptors for another way in which attributes of a class retrieved via its instances may differ from the objects actually stored in the class’s __dict__. If no class attribute is found, and the object’s class has a __getattr__() method, that is called to satisfy the lookup.

Attribute assignments and deletions update the instance’s dictionary, never a class’s dictionary. If the class has a __setattr__() or __delattr__() method, this is called instead of updating the instance dictionary directly.

Class instances can pretend to be numbers, sequences, or mappings if they have methods with certain special names. See section Special method names.

Special attributes: __dict__ is the attribute dictionary; __class__ is the instance’s class.

И поведение это можно менять (инфа из выше):

If the class has a __setattr__() or __delattr__() method, this is called instead of updating the instance dictionary directly.

Еще чего то можно мутить через дескрипторы.

В документации как раз чёрным по белому написано, что любые присваивания атрибутам всегда идут в экземпляр (если это не атрибут-дескриптор, в котором вы можете реализовать любую логику).

Читаем абзац из раздела 7.2 Инструкции присваивания «Справочного руководства по языку Python» (выделено жирным моё):

7.2 Инструкции присваивания
…
Присваивание объекта одной цели рекурсивно определяется следующим образом.
…

• Если целью является ссылка на атрибут: в ссылке вычисляется первичное выражение. Оно должно выдать объект с присваиваемыми атрибутами; если это не так, возбуждается исключение TypeError. Затем этому объекту предлагается присвоить данному атрибуту присваиваемый объект; если он не может выполнить присваивание, он возбуждает исключение (обычно, но не обязательно, AttributeError).
  
  Примечание: Если объект является экземпляром класса и ссылка на атрибут появляется с обеих сторон оператора присваивания, выражение справа, a.x, может получить доступ к атрибуту экземпляра или (если атрибут экземпляра не существует) к атрибуту класса. Цель слева a.x всегда устанавливается в атрибут экземпляра, при необходимости создавая его. Таким образом, два вхождения a.x не обязательно ссылаются на один и тот же атрибут: если выражение справа ссылается на атрибут класса, выражение слева создаёт новый атрибут экземпляра в качестве цели присваивания:
  

  class Cls:
  x = 3             # переменная класса
  inst = Cls()
  inst.x = inst.x + 1   # записывает 4 в inst.x, оставляя Cls.x равным 3

  
  
  Это описание не обязано применяться к атрибутам-дескрипторам, вроде свойств, созданных с помощью property().
  

...

Я предложу такое определение нормальности: если языком успешно пользуются тысячи если не миллионы людей — это нормально. Если человек не разобравшись в документации и в поведении о котором знает, надеюсь, любой джун, идет в интернет писать что язык плохой — вот это не нормально. У всех языков есть свои особенности — если слушать Вас, то javascript вообще на костре должен гореть сами знаете где, а .net и java — наше все.
Интересно какое место в вашей системе координат занимают функциональные языки?