Что нам стоит аппарат для изучения Европы построить: 4 года и несколько миллиардов долларов США

Когда наконец научатся выводить такие аппараты на орбиту по частям? Отдельно сам аппарат с небольшим количеством топлива и небольшими двигателями, отдельно модуль (модули) с топливом и двигателями?

Стыковка, да, еще тот гемморой. Это знает каждый, кто играл в Kerbal Space Program.

Была 1000 стыковок наверное, причем из них много автоматических.

Тут проблема интеграционного тестирования. Если пускать по частям по мере готовности, хрен его знает как оно на орбите заработает. Если пускать несколько частей одновременно, то надо сначала все построить, потом протестировать все функции до стыковки, после стыковки, скорее всего не по одному разу.
Ну и не стоит забывать что вывод на орбиту 2х ракет класса Фалкон около 90 миллионов долларов каждый пуск. В итоге бюджет только на доставку на орбиту нужно увеличивать в N раз по количеству кусков.
Судя по описанию планируеться спуск на поверхность, а как и самое где (на Луне только что) тестировать спуск в ваккууме после стыковки всех модулей? А чем больше в конструкции разьемов, тем больше шанс поломки или иных неполадок.

Два-три б/у Фалкона будут дешевле одной SLS, причем сегодня. Можно Протонами или Союзами запускать.
Посадка на поверхность Европы всех модулей после стыковки не нужна. Модуль (или несколько) с двигателями и уже пустыми баками нужно отцепить и выбросить после торможения у Юпитера. Садиться будет единственный модуль, собранный и протестированный на земле. Если все модули, кроме самого аппарата, будут просто баками с двигателями, то количество разъемов можно попробовать уменьшить до нескольких простых и надежных.

И согласен, учиться на дальних миссиях нельзя, учиться надо на ближних миссиях, даже если там оно не очень нужно. А лучше на паре-тройке болванок, специально запущеных для этого, многократно отработать процедуры стыковки-расстыковки и управления этим составным аппаратом. Да, будет сколько-то стоить, возможно даже 0.01% годового военного бюджета одной сверхдержавы.