Создание сапера при помощи модуля Tkinter

Обычно если есть такая цепочка, значит функция в середине цепочки (f2) это на самом деле не одна функция, а несколько.

Давайте рассмотрим упрощенный пример:

def process_args(arg1, arg2, arg3):
    """Точка входа в программу.
    arg1 - собственный аргумент. Остальные аргументы передаются дальше.
    """
    print(arg1)
    f2(arg2, arg3)

def f2(arg2, arg3):
    """Зависит только от arg2.
    arg3 тут только, чтобы передать в f3().
    """
    data = arg2
    data[0] = 42
    f3(data, arg3)
    print(data)

def f3(arg2, arg3):
    print(arg2, arg3)

Тут process_args некоторым образом обрабатывает некоторые данные. Обратите внимание, что f3 зависит от промежуточного состояния f2. Казалось бы, деваться некуда, придется либо arg3 делать глобальным, либо тянуть его по цепочке. На самом деле эту проблему можно легко решить, осознав, что f2 на самом деле производит 2 разных действия, и если их на самом деле разбить на 2 отдельные функции, то проблема с цепочкой исчезнет. Вот так:

def process_args(arg1, arg2, arg3):
    """Точка входа в программу.
    arg1 - собственный аргумент. Остальные аргументы передаются дальше.
    """
    print(arg1)
    intermediate_f2_result = f2a(arg2)
    f2b(intermediate_f2_result, arg3)

def f2a(arg2):
    """Зависит только от arg2."""
    data = arg2
    data[0] = 42
    return data

def f2b(arg2_processed, arg3):
    """Зависит и от arg2_processed и от arg3.
    Более того, зависимость от обоих аргументов указана явно!
    """
    f3(arg2_processed, arg3)
    print(arg2_processed)

def f3(arg2, arg3):
    print(arg2, arg3)

Аналогичного результата можно добиться, используя функцию обратного вызова:

def process_args(arg1, arg2, arg3):
    """Точка входа в программу.
    arg1 - собственный аргумент. Остальные аргументы передаются дальше.
    """
    print(arg1)

    def callback(arg2_processed):
        # Ссылку на arg3 эта функция получит из области видимости process_args,
        # так что протаскивать arg3 в f2 не нужно.
        f3(arg2_processed, arg3)

    f2(arg2, callback)  # тут arg3 больше не фигурирует

def f2(arg2, cb):
    """Зависит только от arg2."""
    data = arg2
    data[0] = 42
    cb(data)  # вместо f3; arg3 тут не передаем, но f3 его все равно получит
    print(data)

def f3(arg2, arg3):
    print(arg2, arg3)

У Вас в Morphostain есть эта проблема в group_analyze, например. Если ее раздробить на отдельные функции, то не будет необходимости использовать глобальные args в plot_group. На самом деле определить, нуждается ли функция в разделении можно, подобрав ей правильное название. Я бы group_analyze назвал group_analyze_and_print_and_plot. Видите, уже 3 функции напрашивается.

Если организовать код немного по-другому, необходимость тянуть аргументы из функции в функцию, используя их только на самом низком уровне, отпадает. А если функция действительно использует параметр, то нет причин получать его откуда-то кроме списка аргументов (кроме самого высокого уровня, функции main, где списка аргументов нет, и входные данные надо явно доставать из sys.argv или откуда-то еще). Надеюсь, я понятно объясняю.

зачем вам методы setXXX и viewXXX? Почему не обращаться к полю непосредственно? В питоне же всё открыто, подобное сокрытие не имеет смысла.

И ещё, попробуйте отделить данные от представления. Пусть данные хранятся в массиве (списке) как целые числа. Откажитесь от класса Pole. Вам не нужно у каждой клетки иметь список соседних (это легко подсчитать и так). Как вариант — вообще отказаться от массива всех ячеек. Можно иметь лишь список с координатами бомб.

Да, и ещё. Всё-таки классы нужно называть с большой буквы.

In [1]: some_list = [6,7,8,9]

In [2]: for i, item in enumerate(some_list):
   ...:     print('i={} item={}'.format(i, item))

i=0 item=6
i=1 item=7
i=2 item=8
i=3 item=9