Как выявить медленные SQL запросы?

имхо, данные советы отночятся как раз к этапу "разработчик БД не ленив и потратил нужное время на её проектирование и осмысление". т.е. в процессе "осмысления" подобные рекомендации ему могут пригодиться :)

Ну альтернативы-то есть всегда. Только не в рамках MySQL. Но на БД в основном с селектами MyISAM — вполне себе альтернатива для InnoDB

Я вообще Мускул не использую, больно убогая БД.
И подходы к медленности запросов у нас с Вами разные

Я спрашивал про Селекты, а не еще и Инсерты / Апдейты.
Так то прекрасно знаю, что такое локи в MyISAM.

Ну, не будем кривить душой, представленный php код наиболее близок к тому, что покажет мускл.. тут нет, как вы выразились «обработки php» и «доставки данных».
Чтобы добавить это самое время, нужно изменить код до следующего (допустим, что выбираем одну строку в ассоциативный массив):

$startTime = mktime();
$result = mysql_query('somequery', $db);
$row = mysql_fetch_assoc($result);
$endTime = mktime();
echo($endTime - $startTime);

В этом случае первый выделенный фрагмент как раз будет обработкой php, а второй — доставкой данных.
Справедливости ради могу отметить, что в коде при выборке как раз используется мой вариант. Так что, все, что выводится внизу форумных движков — это как раз время с учетом обработки и доставки. Но, доставки не всегда, т.к. чаще всего код преобразуется до следующего:

$startTime = mktime();
$result = mysql_query('somequery', $db);
$endTime = mktime();
$row = mysql_fetch_assoc($result);
echo($endTime - $startTime);

т.е. доставка не входит в считаемое время..
Хотя, я лично видел несколько «общественных» скриптов, где запрос выполнялся два раза, одна раз как в первом варианте, а второй раз без подсчета времени. Т.е. выводились данные, никак не соответствующие реальности.