20 April 2014

OpenWorm: цифровая модель червя-нематоды в браузере

BiotechnologiesCrowdsourcingArtificial Intelligence
Крошечная нематода, или круглый червь Caenorhabditis elegans длиной около миллиметра — один из самых изученных организмов на Земле. Это первый многоклеточный организм, геном которого был полностью секвенирован. У C. elegans два пола — самцы и гермафордиты. Взрослая гермафордитная особь состоит всего из 959 клеток, а её нервная система — из 302 нейронов. Все связи между нейронами C. elegans (коннектом) также полностью описаны. Обилие всесторонней научной информации об этом черве и относительная простота его устройства несколько лет назад вдохновили сотрудников лаборатории моделирования сложных систем института систем информатики имени А. П. Ершова СО РАН создать исчерпывающую компьютерную модель C. elegans.

Со временем проект привлёк несколько десятков участников по всему миру, однако продолжал оставаться малоизвестным и недоступным для широкой публики: не так-то просто разобраться в том обилии исходных данных, касающихся устройства червя, и множестве подсистем модели, написанных на разных языках программирования, не говоря уже о том, чтобы установить и запустить всё это у себя на компьютере. В то же время, C. elegans широко используется при изучении биологии, и возможность «погонять» модель червя, с подробностями и в динамике рассмотреть, как он устроен, трудно переоценить. Поэтому команда проекта решила сделать модель доступной онлайн — чтобы любой желающий смог просто зайти на сайт проекта и заглянуть в «матрицу» в которой обитает виртуальный организм. В этом и заключается суть проекта OpenWorm на Кикстартере.



Создатели модели рассчитывают собрать 120 тысяч долларов. За первые сутки собрано около 10% этой суммы, так что шансы на успех довольно неплохие. Бэкерам, готовым пожертвовать от 49$ будет дана возможность завести на сайте проекта персональную модель C. elegans и наблюдать за её «жизнью» — изучить организм изнутри и снаружи с помощью трехмерной визуализации и наблюдать мельчайшие, вплоть до отдельных клеток, подробности его жизнедеятельности.

Кроме этого будет создан онлайн-курс, объясняющий как устройство самого червя, так и алгоритмы и технологии, использованные при создании его модели. Весь исходный код модели будет по-прежнему доступен под открытой лицензией. Онлайн-курс OpenWorm academy обещают начать уже летом этого года, а работу над сайтом с симуляцией червя рассчитывают закончить следующей весной.

Tags: openworm C. elegans Caenorhabditis elegans
Hubs: Biotechnologies Crowdsourcing Artificial Intelligence
+55
22.1k 61
Comments 23
Ads