Начинаем изучать Cortex-M на примере STM32

1) Не согласен с вашей категоричностью.
Я считаю, что на первых порах важно помнить про то, что мы работаем со спецрегистрами. Магические числа, лично мне, в этом помогают.
До знакомства с библиотеками я делал немного иначе:

#define RCCAHB1_ENR (*(unsigned long*)0x40023830)
#define RCCAHB1_PORTD 0x8
//Enable port D clocking
RCCAHB1_ENR  |= RCCAHB1_PORTD;

Как вы, наверное, знаете в большинстве начальных программ для МК быстро конфигурируется периферия, и дальше уже используются дефайны для работы с определенными регистрами (даже без использования библиотек). И этих регистров не так много. Так вот, используя определения, люди часто забывают о том, что на самом деле происходит с их коде. На курсах программирования МК часто встречались случаи, когда студенты делали записи:

#define EnableLED1()  ((unsigned long*)(0x40020C14) |= 0x2000)

А по прошествии недели спрашивали: «Какой хэддер нужно подключить, чтобы заработала функция EnableLED1?».
Выносить что-либо в макросы стоит только когда вы на 100% уверены, что знаете как это работает.
Все выше сказанное только мое мнение, а не руководство к действию. Каждый сам решает как ему оформлять код. По этому поводу написано миллионы страниц текста.

2) По поводу:

RCC->AHB1ENR	|= RCC_AHB1ENR_IOPDEN

Есть несколько соображений:
1. Нужно немного разобраться с библиотекой, покопаться в примерах и т.д. Если пытаться все делать сразу — будет каша в голове (ИМХО). Я предпочитаю начать с документов.
2. Я стараюсь описать принцип программирования МК на примре STM32, а не описать библиотеку и возможности STM32. У TI, например, библиотека устроена совершенно иначе.
3 Ваш пример не показателен. Часто встречается ошибка — путаница с GPIO_PinSource8 и GPIO_Pin_8.
4. Не стимулирует. Вот пример который компилируется но не cработает:

RCC->AHB1ENR |= RCC_AHB1Periph_SRAM1;

После 3 инициализаций периферии люди автоматически начинают экстраполировать методы инициализации. Это не верно. Главный посыл такой: сначала документация — затем программирование.