Comments 4
fingerprint рассчитывают схожесть двух молекул, я не понял, что делает MolecularLucene…
Lucene — поисковый движок. То есть с помощью Lucene можно проиндексировать некоторое количество документов и потом искать документы из индекса по ключевым словам. Прямо как в интернет-поисковиках, яндексе, гугле и.т.п.

MolecularLucene — это плагин для Lucene, который позволяет проиндексировать не текстовые документы, а хим. структуры и потом задавать в качестве поискового запроса не ключевые слова, а другие хим. структуры. В ответ должны возвращаться проиндексированные структуры упорядоченные по схожести с со структурой-образцом из запроса.

Документы в Lucene состоят из полей. Например, заголовок — это одно поле, основной текст документа — другое, автор — третье, дата публикации — четвертое и.т.д. В случае использования MolecularLucene одно (или несколько) из полей может содержать информацию о молекулярной структуре, а другие — «сопроводительную» текстовую информацию: описание, коментарий, и.т.д. Это позволяет организовать смешанный поиск по тексту и по структуре. Результаты будут упорядочены в соответствии с некоторой комбинацией текстовой релевантности и «молекулярной схожести».

Я сделал демку: www.chwise.net. Там можно искать статьи о хим. компаундах в википедии по тексту статьи и похожести на структуру-образец, которую можно задать либо в виде smiles'а, либо в редакторе структур. Короткая видеодемонстрация тут: www.youtube.com/watch?v=V0ddipGhPc0
Правильно ли я понимаю, что поиск по SMILES делается как текстовое совпадение? но не как реальная химическая структура?

На больших SMILES сервер валится
CC1=C2C(C(=O)C3(C(CC4C(C3C(C(C2©C)(CC1OC(=O)C(C(C5=CC=CC=C5)NC(=O)C6=CC=CC=C6)O)O)OC(=O)C7=CC=CC=C7)(CO4)OC(=O)C)O)C)OC(=O)C
это таксол
Нет, поиск по SMILES делается не по текстовому совпадению. SMILES-часть запроса разбирается и по нему строится структура, которая затем нарезается на одномерные цепочки атомов-связей. По совпадению этих цепочек производится поиск и ранжирование.

Спасибо за пример заваливающего смайлса. Протестирую, как будет время :)
Only those users with full accounts are able to leave comments. Log in, please.