Comments 15
Эта тема крайне интересна, и на русском материалов я не особо видел. Был бы крайне рад продолжению.
Я только начал работать в сфере биоинформатики, пока пол года. Стараюсь собрать все мысли воедино и оформить в статьи. По молекулярной биологии брал классы, сейчас хожу на классы functional genomic. Часть вещей подчерпнул из статей. Есть огромное количество инетересных статей описывающие математические подходы для решения ряда задач связанных с анализом ридов после сиквенирования. Вот разрваюсь толи статьи осветить, толи дать примеры на С++ как с sam/bam файлами работать. Ибо в дальнейшем всеравно придется с данными работать.
Надо собраться и написать и те статьи и те.
Меня ещё гложет вопрос, хочется привлечь математиков и программистов к обсуждению. А тема подходящая биотехнологии. Не нашел на хабре Биоинформатика.
Надо собраться и написать и те статьи и те.
Меня ещё гложет вопрос, хочется привлечь математиков и программистов к обсуждению. А тема подходящая биотехнологии. Не нашел на хабре Биоинформатика.
Пождите, с примерами С++. Не скажу за других, но мне бы для начала было интересно, да не только интересно, но и необходимо для понимания материала, узнать доступным языком такие вопросы:
— что есть ДНК?
— можно ли сказать, что ДНК несет бинарный код, подобно компьютерам? Пары нуклеотидов AT-CG подобны 0 и 1 у компьютера?
— что есть хромосома? Скрученная ДНК?
— Что есть ген? Фрагмент ДНК имеющий некую определенную смысловую нагрузку?
Ну в общем если напрячься я таких базовых вопросов могу еще поднасыпать. :)
— что есть ДНК?
— можно ли сказать, что ДНК несет бинарный код, подобно компьютерам? Пары нуклеотидов AT-CG подобны 0 и 1 у компьютера?
— что есть хромосома? Скрученная ДНК?
— Что есть ген? Фрагмент ДНК имеющий некую определенную смысловую нагрузку?
Ну в общем если напрячься я таких базовых вопросов могу еще поднасыпать. :)
больше красивых картинок!!!
Такой вот был пост. Там ссылки на лекции (в т.ч. видео).
Видео по теме
Обзорная лекция по биоинформатике. Павел Певззнер.
Директор Центра вычислительной масс-спектрометрии Национального института здоровья. Профессор факультета компьютерных наук и инженерии Университета Калифорнии (Сан-Диего). Победитель конкурса президентских мегагрантов в РФ (2010)
Прочитана для старшеклассников.
www.lektorium.tv/lecture/?id=13384
Обзорная лекция по биоинформатике. Павел Певззнер.
Директор Центра вычислительной масс-спектрометрии Национального института здоровья. Профессор факультета компьютерных наук и инженерии Университета Калифорнии (Сан-Диего). Победитель конкурса президентских мегагрантов в РФ (2010)
Прочитана для старшеклассников.
www.lektorium.tv/lecture/?id=13384
Имею практический вопрос
Есть ли какой-нибудь публичный API для доступа к геномным базам данных, того же пабмеда? Ваяю сейчас на .met одну геномную тулзу и прикидываю на будущее. Идеально конечно чтобы API было прям на готовые методы, типа BLAST.
Есть ли какой-нибудь публичный API для доступа к геномным базам данных, того же пабмеда? Ваяю сейчас на .met одну геномную тулзу и прикидываю на будущее. Идеально конечно чтобы API было прям на готовые методы, типа BLAST.
Спасибо, интересно очень. Давно хочу разобраться в этой теме, но как то тяжко построить в голове четкую картину. Нужно больше почитать и что-то попробовать. На topcoder сейчас много соревнований с призами на тему биоинформатики.
Sign up to leave a comment.
Практическая биоинформатика