Pull to refresh

Comments 8

Авторы без вопросов молодцы: огромная кропотливая работа на уровне физхимии поверхностных явлений, куча дифференциальных и тензорных уравнений, готовая молекулярная модель. Но это работа физиков для физиков.

Дальше начинающиеся фразы про "Соответственно, алгоритм «правильного» попадания вещества через мембрану путем создания поры – это и есть ID-карта в живую клетку. Несмотря на то, что в мире существует множество экспериментально проверенных методов создания в мембране пор, через которые препарат может проникнуть в клетку (например, антибиотик, чтобы убивать бактерии или антиопухолевый токсин, чтобы уничтожать клетки рака), до сих пор не было физической модели, которая описывает формирование, рост и устойчивость таких пор." показывают полное непонимание проблем, стоящих перед клеточной терапией. Понаделать дыр в конкретных клетках для введения вещества — задача максимум для ЭКО-шников и культуральщиков, к целому организму такой подход неприменим. Пора — не ID-карта для вещества, а пролом для всех подряд, раковые клетки как раз удобнее было бы идентифицировать по их характерным рецепторам или другим мутировавшим по сравнению с организмом-хозяином молекулярным и фенотипическим признакам. Авторы создали хорошую модель прорезания стены, исследование на тему «Штробление стен перфоратором: устоит ли многоквартирный дом и исследование реакции жильцов». Только грубо говоря резать надо межкомнатную стену, находясь на улице, и модель может помочь, только если вы уже нашли все патологические или другие целевые клетки и непосредственно их наблюдаете.
Но это работа физиков для физиков
Не совсем — это работа биофизиков для биофизиков. За ID карту я должен отдельно извиниться. К сожалению, эта версия текста в таком виде не была согласована с нами, авторами работы, я бы никогда не допустил такой фразы.
работа потребовала очень больших трудозатрат от всех участников проекта, большого объема машинного времени для расчётов методами молекулярной динамики
Так вроде же 100 ns всего. Это же по сегодняшним меркам даже на «обычный» объем машинного времени не тянет, когда нормой стали десятки и сотни микросекунд агрегированного времени для REMD и Markov State Models.
Здесь были полноатомные симуляции сотни-другой липидов + вода, для них микросекундные расчёты — редкость. Симуляция для каждого из трёх типов липидов прогонялась по 2 раза. Да, это совсем не много, и я сильно преувеличил, но и 10 микросекунд в таких системах далеко не норма.
Поскольку везде клеточная мембрана называется липидной, я так понял, что наличие белков, в том числе интегральных, было проигнорировано? Но ведь именно белки обеспечивают избирательность проницаемости мембраны.
Да, конечно, мы рассматривали чисто липидную мембрану. Собственно, название, оригинальных статей на большее и не претендует: «Pore formation in lipid membrane» + подзаголовок. И изучался нами именно процесс порообразования в липидной мембране, а не возможности обеспечения изберательной проницаемости мембраны.
Впервые в своей работе? А то я, помнится, немного занимался этим в 2010 году, несколько коллег по лаборатории занимались этим годами — методом компьютерного моделирования в мезомасштабе + составляли какие-то несложные теоретические модели, описывавшие то, что наблюдалось в комп. эксперименте. Нас интересовало порообразование в липидном бислое под воздействием нанотрубок, но литературы по порообразованию вообще тогда было полным-полно, в том числе и с теоретическими моделями.
Это не совсем так. Конечно, этой области как минимум 40-50 лет. Но всё же я не встречал такого подробного и последовательного теоретического описания процесса порообразования, с анализом всевозможных параметров, а также описания формирования пре-поры, преводящей ко второму барьеру в энергетическом профиле.
Sign up to leave a comment.